rRFtargetDB

rRFtargetDB hosts ≈ 163 000 experimentally-supported rRF-mRNA pairs (≈ 60 000 with ≥2 chimeric reads) identified from Argonaute1 CLASH/PAR-CLIP data in human HEK293 cells, offering flexible query and filter options plus secondary-structure and motif views to facilitate hypothesis generation on rRNA-fragment–guided gene regulation.rRF靶标数据库（rRFtargetDB）收录了从人胚肾293细胞（HEK293）的Argonaute1 CLASH/PAR-CLIP测序数据中鉴定得到的约163000个经实验验证的核糖体RNA片段（rRF）-mRNA对，其中约60000个对应至少2条嵌合读数（chimeric reads），并提供灵活的查询与筛选选项以及二级结构与基序可视化视图，可为核糖体RNA片段介导的基因调控相关假说构建提供助力。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

rRFtargetDB是一个存储约16.3万个实验验证的rRF-mRNA配对（其中约6万个有至少2个嵌合读段）的数据库，数据来源于人类HEK293细胞中的Argonaute1 CLASH/PAR-CLIP实验。该数据库提供灵活的查询、过滤选项以及二级结构和基序视图，以支持对核糖体RNA片段介导的基因调控的假设生成。