Protocole de dépôt en open-access des données de séquençage sur une plateforme ouvèrte

La qualité écologique des milieux aquatiques est contrôlée avec une large palette d’outils normalisés. Parmi ces outils, il y a les bioindicateurs, tels que les microalgues et les diatomées en particulier. L’analyse des diatomées est traditionnellement réalisée avec des microscopes (identification et comptage manuels), des listes micro-floristiques sont dressées et permettent de mesurer la qualité écologique des milieux. Ces analyses sont requises dans le cadre de la Directive Cadre Européenne sur l’eau. Des 1000iers d’analyses sont réalisées en France chaque année de cette manière par des laboratoires prestataires spécialisés. L’UMR Carrtel développe depuis 10 ans une méthode automatisée basée sur du séquençage ADN haut débit d’échantillons environnementaux : le métabarcoding. L’identification des séquences d’ADN de diatomées est réalisée par bio-informatique. Cette nouvelle méthode allie précision, régularité, vitesse et réduit les couts. Plusieurs publications scientifiques décrivent cette méthode, mais il manque des publications opérationnelles de ces protocoles et la mise en place de tutorats pour les laboratoires prestataires souhaitant proposer ce nouveau type d’analyse à leurs clients. L’UMR Carrtel est sollicité pour réaliser ce transfert vers des industriels/laboratoires privés. Ce projet, financé par l’Institut Carnot Eau Environnement vise à : -1- mettre en place des outils pédagogiques pour la formation de tuteurs qui seront capables d’assurer un tutorat auprès des entreprises souhaitant mettre en place cette méthodologie dans leurs laboratoires, -2- transférer des protocoles déjà publiés dans des revues scientifiques sous forme de documents techniques directement utilisables. Ces documents seront mis en accès libre (data.inrae.fr). L’accès aux protocoles de la technique ADNe diatomées se fera après remplissage d’un formulaire. Ce formulaire permettra de compléter une BDD sur les utilisateurs et les intéressés par la technique ADNe Diatomées. En remplissant le formulaire, le partenaire acceptera « d'être recontacté dans le cadre d'animation scientifique et par le Carnot Eau Environnement » et s’engagera « à transmettre les informations issues des analyses réalisées avec la méthode ADNe environnement si ces dernières ne sont pas non confidentielles (prescripteur public notamment) » sur une plateforme à déterminer. » -3- mettre en place un protocole et une plateforme en open-access (exemple : data.inrae.fr) pour le dépôt des nouvelles données de séquençage produites par les utilisateurs de la méthode (entreprises, gestionnaires, etc …). -4- organiser une demi-journée/un atelier sur le sujet à destination des laboratoires publics, laboratoires et entreprises privées pouvant être intéressés par la méthode ADNe appliquée aux diatomées. Cette demi-journée ou atelier aura pour objectif de réaliser une première sensibilisation de ces laboratoires à la méthode, de leur présenter un état des lieux de la technique et d’ouvrir sur des pistes de collaborations envisageables sur l’ADNe avec ces acteurs. Une enquête pourra être remplie par les participants quant à leurs visions de cette méthode (attente, réponse à un besoin, freins à son utilisation,…). L’atelier est envisagé lors de la journée du 12 mars 2021 en lien avec la conférence DNAQUA 2021. Ce DOI propose un protocole et une plateforme en open-access (exemple : data.inrae.fr) pour le dépôt des nouvelles données de séquençage produites par les utilisateurs de la méthode -3- Ce document spécifie également les métadonnées requises pour assurer la traçabilité des échantillons.

水生生态环境质量可通过一系列标准化工具开展监测评估。其中生物指示物（bioindicator）是常用监测手段之一，尤以微藻和硅藻最为典型。传统硅藻分析多借助显微镜完成（需手动进行物种鉴定与计数），并通过构建微藻类群名录来评估水生生态环境质量。此类分析是《欧盟水框架指令》要求的常规检测项目。法国每年有数千项此类检测由专业第三方实验室完成。法国国家农业食品与环境研究院（INRAE）下属的UMR Carrtel联合研究团队近十年来开发了一套基于环境样本高通量DNA测序的自动化分析方法——代谢条形码技术（metabarcoding）。硅藻DNA序列的鉴定工作通过生物信息学（bioinformatics）手段完成。该新型方法兼具精准性、标准化、高效性，同时降低了检测成本。目前已有多篇科学文献对该方法进行了阐述，但仍缺乏可供实操的标准化方案文档，以及面向希望向客户提供此类新型检测服务的第三方实验室的培训指导体系。UMR Carrtel团队受委托推进该技术向工业界及私营实验室的转化落地。本项目由卡诺水环境研究院（Institut Carnot Eau Environnement）资助，旨在达成以下四大目标：1. 开发教学工具，用于培训能够为有意在实验室中应用该方法的企业提供指导的导师；2. 将已发表于学术期刊的实验方案转化为可直接使用的技术文档，相关文档将通过data.inrae.fr平台免费开放获取。硅藻DNA检测技术的方案文档需通过填写表单方可获取，该表单将用于完善针对硅藻DNA检测技术的用户及潜在使用者数据库。合作伙伴填写表单后，将同意接受卡诺水环境研究院就学术交流活动进行的回访，并承诺：若非涉密数据（尤其是公共委托方的检测数据），需将采用环境DNA（environmental DNA, eDNA）方法获得的分析结果上传至待定平台进行共享；3. 搭建开放获取协议及平台（例如data.inrae.fr），用于存储该方法使用者（企业、环境管理者等）产生的新型测序数据；4. 面向有意将硅藻DNA检测方法应用于实际工作的公立实验室、私营实验室及企业，组织一场半日主题研讨会。本次研讨会旨在首次向相关实验室宣传该技术，介绍其发展现状，并与参会者探讨开展环境DNA相关合作的潜在方向。参会者可填写调查问卷，分享对该技术的看法（包括预期用途、需求匹配度、应用阻碍等）。本次研讨会计划于2021年3月12日举办，与DNAQUA 2021会议同期开展。本DOI对应的文档提供了开放获取的实验方案及测序数据存储平台（例如data.inrae.fr），用于存储该方法使用者产生的新型测序数据；此外，该文档还明确了保障样本可追溯性所需的元数据（metadata）规范。