Maned wolf (Chrysocyon brachyurus) urinary volatile organic compounds

These data are raw peak areas for urinary VOCs in the urine samples of 13 maned wolves (Chrysocyon brachyurus) collected weekly for 6 months over one breeding season. Information about each individual wolf is provided in the table below: CallName SB# Age Sex Institution Housed with Pairing Status Breeding Information Bonita 3231 3 F Beardsley SB#3232 Unpaired NA Same sex sibling pair Chiquita 3232 3 F Beardsley SB#3231 Unpaired NA Same sex sibling pair Yellow 2845 8 F Fossil Rim * Unpaired None seen Mac 3206 4 M Fossil Rim SB#3207 (sister) Unpaired NA Female spayed Cheech 3192 3 M Philadelphia SB#3195 Unpaired NA Same sex sibling pair Chong 3195 3 M Philadelphia SB#3192 Unpaired NA Same sex sibling pair Flint 2810 8 M SCBI Single Unpaired NA Single Blue 2844 8 M SCBI SB#3184 Paired None seen Uno 3184 4 F SCBI SB#2844 Paired None seen Zonka 2660 10 M WOCC SB#2945 Paired Estimated breeding date = Oct 8, 2014 Kim 2945 8 F WOCC SB#2660 Paired Estimated breeding date = Oct 8, 2014 Elisa 2536 11 F Buffalo SB#3014 N/A N/A Male neutered Kev 3014 7 NeutM Buffalo SB#2536 N/A N/A Male neutered Raw data from GC-MS in MassHunter’s .D format were converted into .mzXML format for data processing steps using ProteoWizard’s MSConvert tool. Files from replicates of each sample were processed together through the xcms R package using R ver 3.6.1. The xcms package contains functions to identify ion peaks, group the same ion peaks across replicates, correct retention time drift using the Obiwarp algorithm, and then use the corrected retention times to regroup ion peaks across replicates. Next, missing ion peaks were filled in. Then a deconvolution algorithm in the camera R package assigned ion peaks into compounds. Ions with the same peak shapes at the same retention times were attributed to the same group to create a compound made up of component ions. This open-source data analysis pipeline is robust, free of cost, and easily accessible, allowing analysis of hundreds or thousands of samples containing millions of ion peaks on a personal computer. Thus, this same data analysis pipeline could easily extend to other species or areas of VOC research. Ion peak areas were then averaged across the three replicates of each sample, creating one mean value per urine sample for each ion. Within each compound group, only the peak area for the quantitative ion (ion with the largest average area) was retained. This value is representative of the abundance of the VOC in that sample. These quantitative ion peak areas are the data that are shared.

本数据集包含13只鬃狼（Chrysocyon brachyurus）的尿液样本中的挥发性有机物（VOCs, Volatile Organic Compounds）原始峰面积数据。采样工作于一个繁殖季内开展，每周采集一次，总计持续6个月。每只受试个体的详细信息如下表所示：
| 个体标识名 | SB编号 | 年龄 | 性别 | 饲养机构 | 同笼伙伴 | 配对状态 | 繁殖相关信息 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| Bonita | 3231 | 3 | 雌性 | Beardsley | SB#3232 | 未配对 | 无（NA） |
| Chiquita | 3232 | 3 | 雌性 | Beardsley | SB#3231 | 未配对 | 无（NA） |
| Yellow | 2845 | 8 | 雌性 | Fossil Rim | * | 未配对 | 未观察到繁殖行为 |
| Mac | 3206 | 4 | 雄性 | Fossil Rim | SB#3207（其姐妹） | 未配对 | 无（NA） |
| Cheech | 3192 | 3 | 雄性 | Philadelphia | SB#3195 | 未配对 | 无（NA） |
| Chong | 3195 | 3 | 雄性 | Philadelphia | SB#3192 | 未配对 | 无（NA） |
| Flint | 2810 | 8 | 雄性 | 史密森尼保护生物学研究所（SCBI） | 单独饲养 | 未配对 | 无（NA） |
| Blue | 2844 | 8 | 雄性 | 史密森尼保护生物学研究所（SCBI） | SB#3184 | 已配对 | 未观察到繁殖行为 |
| Uno | 3184 | 4 | 雌性 | 史密森尼保护生物学研究所（SCBI） | SB#2844 | 已配对 | 未观察到繁殖行为 |
| Zonka | 2660 | 10 | 雄性 | 世界食肉动物保护中心（WOCC） | SB#2945 | 已配对 | 预估繁殖日期：2014年10月8日 |
| Kim | 2945 | 8 | 雌性 | 世界食肉动物保护中心（WOCC） | SB#2660 | 已配对 | 预估繁殖日期：2014年10月8日 |
| Elisa | 2536 | 11 | 雌性 | Buffalo | SB#3014 | 无可用信息（N/A） | 雄性个体已绝育 |
| Kev | 3014 | 7 | 雄性（已绝育） | Buffalo | SB#2536 | 无可用信息（N/A） | 无（NA） |

原始数据为采用MassHunter软件采集的气相色谱-质谱联用（GC-MS, Gas Chromatography-Mass Spectrometry）.D格式文件，随后通过ProteoWizard的MSConvert工具转换为.mzXML格式以开展后续数据处理。每个样本的重复样本文件将通过R 3.6.1版本中的xcms R包进行联合处理：该包可实现离子峰识别、重复样本间同离子峰聚类、通过Obiwarp算法校正保留时间漂移，再基于校正后的保留时间对重复样本中的离子峰进行二次聚类。随后对缺失的离子峰进行补全，再通过camera R包中的去卷积算法将离子峰归属为化合物：将保留时间一致且峰形相似的离子归为同一组，形成由组分离子构成的化合物。

该开源数据分析流程兼具稳健性、免费性与易用性，可在个人计算机上完成包含数百万离子峰的数百乃至数千份样本的分析，因此该流程可轻松拓展至其他物种或挥发性有机物研究领域。

随后，对每个样本的三次重复实验的离子峰面积取平均值，得到每个尿液样本中各离子的平均峰面积。在每个化合物组内，仅保留定量离子（平均峰面积最大的离子）的峰面积，该数值可代表该样本中对应挥发性有机物的相对丰度。本次共享的数据即为这些定量离子的峰面积数据。