BioJarvis CRISPR Design API
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资源简介：
BioJarvis CRISPR Design API turns gene therapy design into an accelerated workflow. Powered by advanced AI—Graph Neural Networks and causal discovery—it helps researchers and biotech teams move from concept to viable therapies in days/hours, not months.
创建时间：
2026-01-18
原始信息汇总
BioJarvis CRISPR Design API 数据集概述
基本描述
BioJarvis CRISPR Design API 是一个端到端平台，旨在现代化基于CRISPR的基因疗法的设计和优化方式。它为研究人员和生物技术团队提供了对先进AI驱动模型的程序化访问，这些模型支持靶点选择、向导RNA设计、脱靶风险评估和治疗优先级排序。
核心功能
- AI驱动的向导设计：机器学习模型预测靶向功效。
- 脱靶分析：具有置信度评分的全基因组脱靶预测。
- 多编辑器支持：支持Cas9、碱基编辑器、先导编辑器、dCas9。
- 表观遗传整合：染色质可及性和甲基化分析。
- 患者特异性设计：基于患者基因组学的个性化设计。
- 因果通路发现：识别衰老/疾病的干预点。
- 临床验证工作流程：追踪从计算机模拟到体外再到体内的验证过程。
- LIMS集成：与实验室系统连接。
- 法规遵从性：符合HIPAA要求，具备审计跟踪和数据加密功能。
应用场景
- 基因疗法开发：为罕见疾病设计治疗性向导。
- 衰老研究：靶向长寿通路（衰老、表观遗传学）。
- 癌症免疫疗法：设计CAR-T细胞工程策略。
- 农业生物技术：作物改良和性状工程。
- 合成生物学：用于生物制造的精确基因组工程。
- 药物发现：靶点验证和疾病建模。
技术栈
- AI模型：
- 用于向导功效预测的图神经网络（GNN）（95%准确率）。
- 用于脱靶预测的Transformer模型。
- 因果发现神经网络。
- 基因组数据：
- 人类基因组（GRCh38/hg38）。
- 小鼠基因组（GRCm39）。
- 支持自定义基因组。
- 基础设施：
- AWS RDS (PostgreSQL)。
- 符合HIPAA标准的加密。
- 自动扩展计算集群。
端点概述
核心端点
- 提交CRISPR设计请求
- 方法：
POST - 路径：
/api/v1/designs - 描述：提交包含患者背景和约束条件的新CRISPR治疗设计任务。
- 方法：
- 获取设计报告
- 方法：
GET - 路径：
/api/v1/designs/{job_id}/report - 描述：检索包含向导候选、脱靶分析和验证数据的完整设计报告。
- 方法：
- 列出所有设计任务
- 方法：
GET - 路径：
/api/v1/designs?status=completed&limit=50 - 描述：使用过滤器检索设计任务历史记录。
- 方法：
- 提交验证请求
- 方法：
POST - 路径：
/api/v1/validations - 描述：为已完成的设计创建验证工作流程。
- 方法：
- 数据摄取 - NGS数据
- 方法：
POST - 路径：
/api/v1/ingest/ngs - 描述：摄取患者NGS测序数据以进行个性化设计。
- 方法：
- 特征提取
- 方法：
POST - 路径：
/api/v1/features/extract - 描述：从患者数据中提取用于AI模型的生物学特征。
- 方法：
- LIMS集成
- 方法：
POST/GET - 路径：
/api/v1/lims/batches//api/v1/lims/samples/{lims_id} - 描述：与实验室信息管理系统同步。
- 方法：
- 健康检查
- 方法：
GET - 路径：
/health - 描述：服务健康和数据库状态。
- 方法：
定价层级
- 研究版 - $0/月
- 每月10个设计任务。
- 2个并发任务。
- 基本向导设计（仅Cas9）。
- 脱靶分析（前10个）。
- 社区支持（48小时）。
- 专业版 - $499/月
- 每月200个设计任务。
- 10个并发任务。
- 所有编辑器类型（Cas9、碱基、先导、dCas9）。
- 完整脱靶分析（全基因组）。
- 表观遗传整合。
- 患者特异性设计。
- 电子邮件+聊天支持（12小时）。
- 企业版 - 自定义定价（起价$2,500/月）
- 无限设计任务。
- 无限并发任务。
- 因果通路发现。
- 临床验证工作流程。
- LIMS集成。
- 自定义AI模型训练。
- 本地部署选项。
- HIPAA业务伙伴协议（BAA）。
- 专属支持（4小时SLA）。
- 学术折扣
- 专业版对.edu邮箱地址用户提供50%折扣。
- 免费版每月任务增加至25个。
响应时间
- 设计任务提交：< 1秒。
- 简单设计（Cas9，单基因）：5-15分钟。
- 复杂设计（先导编辑器，多靶点）：20-45分钟。
- 因果通路发现：30-90分钟。
- API延迟（GET）：平均150毫秒。
- 正常运行时间：99.7%（过去90天）。
速率限制
| 层级 | 任务/月 | 并发任务 | API调用/分钟 |
|---|---|---|---|
| 研究版 | 10 | 2 | 10 |
| 专业版 | 200 | 10 | 60 |
| 企业版 | 无限 | 无限 | 无限 |
支持的机制与编辑器
机制
- 沉默：通过CRISPR切割进行基因敲低。
- 激活：CRISPRa (dCas9-VP64/VPR)。
- 编辑：碱基编辑（C→T, A→G）或先导编辑。
- 表观遗传抑制：CRISPRi (dCas9-KRAB)。
编辑器类型
- cas9：标准Cas9核酸酶（化脓性链球菌）。
- base_editor：CBE（胞嘧啶）或ABE（腺嘌呤）。
- prime_editor：PE2, PE3, PE4, PE5。
- dCas9_epigenetic：无需切割的CRISPRa/i。
支持的基因组
- 人类 (GRCh38/hg38) ✅
- 小鼠 (GRCm39) ✅
- 大鼠 (Rnor_6.0) ✅
- 自定义基因组（企业版）
错误代码
| 代码 | 消息 | 描述 |
|---|---|---|
| 200 | 成功 | 请求成功 |
| 202 | 已接受 | 任务已排队等待处理 |
| 400 | 错误请求 | 参数无效或基因未找到 |
| 401 | 未授权 | API密钥无效或缺失 |
| 403 | 禁止 | 层级限制超出或设计被禁止 |
| 404 | 未找到 | 任务ID未找到 |
| 422 | 策略违规 | 设计违反安全/法规规则 |
| 429 | 请求过多 | 超出速率限制 |
| 500 | 服务器错误 | 内部服务器错误 |
| 503 | 服务不可用 | 维护或高负载 |
安全与合规
数据安全
- ✅ 传输中TLS 1.3加密。
- ✅ 静态AES-256加密。
- ✅ PHI去标识化管道。
- ✅ 自动数据删除（可配置保留期）。
- ✅ 访问日志和审计跟踪。
法规遵从性
- ✅ 符合HIPAA标准的基础设施。
- ✅ 企业版提供业务伙伴协议（BAA）。
- ✅ 符合GDPR（提供数据驻留选项）。
- ✅ 符合21 CFR Part 11（用于临床试验）。
- ✅ SOC 2 Type II（认证进行中）。
- ✅ 定期渗透测试。
负责任使用政策
禁止将API用于：
- 用于增强的人类种系编辑。
- 未经IRB批准针对人类的设计。
- 制造生物武器或有害生物。
- 违反国际准则的不道德实验。
身份验证
- 类型：API密钥（基于请求头）。
- 请求头名称：
x-api-key。
