In silico calculations for chemical compounds, SMILES structural representation, and molecular docking results

Niniejszy zbiór danych obejmuje wyniki obliczeniowych badań dokowania molekularnego przeprowadzonych w ramach projektu ukierunkowanego na identyfikację nowych związków o potencjalnym działaniu antybakteryjnym. Analizy wykonano dla wybranych celów molekularnych, w tym enzymu AmpC beta-lactamase odpowiedzialnego za oporność bakterii na antybiotyki β-laktamowe oraz regulatora quorum sensing LasR protein (PDB 6D6P), kluczowego dla tworzenia biofilmu i wirulencji patogenów. Jako anty-cel wykorzystano kinazę VEGFR2 (PDB 6GQP), istotną z punktu widzenia potencjalnych działań niepożądanych, w szczególności wpływu na procesy angiogenezy i gojenia ran.Struktury białek przygotowano poprzez usunięcie cząsteczek wody, dodanie atomów wodoru oraz optymalizację stanów protonacji reszt aminokwasowych odpowiednich dla warunków fizjologicznych. Miejsca aktywne zdefiniowano na podstawie dostępnych struktur krystalograficznych oraz znanych ligandów referencyjnych.Biblioteka ligandów została przygotowana i wstępnie przetworzona z wykorzystaniem narzędzi cheminformatycznych, a następnie poddana dokowaniu molekularnemu przy użyciu oprogramowania Smina. Dla każdego kompleksu obliczono energie wiązania oraz wygenerowano przewidywane konformacje ligandów w obrębie kieszeni wiążącej.Uzyskane dane obejmują wyniki scoringu, dla najlepszej pozycji dokowania, które zostały wykorzystane do dalszej analizy jako dane dla modeli sztucznej inteligencji wspomagających projektowanie nowych związków bioaktywnych.