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SINGER-inferred targets for exceptional population differentiation in coalescence times in African populations in 1000 Genomes Project

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Zenodo2025-03-19 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

This repo saves the gene targets which shows the signal of population differentiation in coalescence times in African populations in 1000 Genomes Project. Here are the detailed explanations for the header of the files: chrom The chromosome where the genomic window is located (e.g., chr1, chrX).window_start The 0-based start position of the genomic window being analyzed.window_end The 1-based end position of the genomic window (exclusive).score Ratio between the overall diversity and the population specific diversity, in the genomic window.transcript_chrom The chromosome where the transcript is located.transcript_start The 0-based start position of the transcript.transcript_end The 1-based end position of the transcript (exclusive).transcript_id The unique identifier for the transcript (e.g., Ensembl or RefSeq ID).strand The strand of the transcript: "+" for forward, "-" for reverse.coding_start The start position of the coding region of the transcript (if applicable).coding_end The end position of the coding region of the transcript (if applicable).RGB The RGB color used for visualization in genome browsers (format: R,G,B).block_count The number of exons in the transcript.block_sizes Comma-separated list of exon lengths (in base pairs).block_starts Comma-separated list of exon start positions relative to transcript_start.

本仓库存储了1000基因组计划(1000 Genomes Project)中非洲人群在溯祖时间上呈现群体分化信号的基因靶点。 以下为文件表头的详细释义: chrom:基因组窗口所在染色体(例如chr1、chrX)。 window_start:待分析基因组窗口的0-based起始位置。 window_end:基因组窗口的1-based终止位置(不包含该位置)。 score:该基因组窗口内总体多样性与群体特异性多样性的比值。 transcript_chrom:转录本所在染色体。 transcript_start:转录本的0-based起始位置。 transcript_end:转录本的1-based终止位置(不包含该位置)。 transcript_id:转录本的唯一标识符(例如Ensembl或RefSeq编号)。 strand:转录本的链方向:“+”为正链,“-”为负链。 coding_start:转录本编码区的起始位置(若适用)。 coding_end:转录本编码区的终止位置(若适用)。 RGB:用于基因组浏览器可视化的RGB颜色值(格式为R,G,B)。 block_count:转录本所含外显子的数量。 block_sizes:以逗号分隔的外显子长度列表(单位:碱基对)。 block_starts:以逗号分隔的外显子相对于transcript_start的起始位置列表。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2024-03-18
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