arc18_site1

Trajectories and data necessary to reproduce a simulation of compound ARC18 in the site 1in Developing Allosteric Inhibitors of SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase byA. Chayka, M. Danda, A. Dostálková, V. Spiwok, A. Klimešová, M. Kapisheva, M. Zgarbová,J. Weber, T. Ruml, M. Rumlová and Z. Janeba (to be submited) forcefield - force filed parametersem - energy minimisationnvt - equilibration in the NVT ensembenpt1 - equilibration 1 in the NPT ensembenpt2 - equilibration 2 in the NPT ensembenpt3 - equilibration 3 in the NPT ensembenpt4 - equilibration 4 in the NPT ensembeprod - production trajectory本数据集包含复现《SARS-CoV-2 RNA依赖的RNA聚合酶变构抑制剂的开发》中ARC18化合物在1号位点的分子模拟所需的轨迹与数据，作者为A. Chayka、M. Danda、A. Dostálková、V. Spiwok、A. Klimešová、M. Kapisheva、M. Zgarbová、J. Weber、T. Ruml、M. Rumlová及Z. Janeba（待投稿）。 各模拟环节参数说明如下： - forcefield：力场（force field）参数； - em：能量最小化（energy minimisation）； - nvt：正则系综（NVT ensemble）平衡； - npt1：第1次等压等温系综（NPT ensemble）平衡； - npt2：第2次等压等温系综平衡； - npt3：第3次等压等温系综平衡； - npt4：第4次等压等温系综平衡； - eprod：生产模拟轨迹。