Additional data for "Endemic but not eroded: Genomic distinctiveness and conservation genomics of the British swallowtail butterfly (Papilio machaon britannicus Seitz, 1907)"

This is the supplematary data for "Endemic but not eroded: Genomic distinctiveness and conservation genomics of the British swallowtail butterfly (Papilio machaon britannicus Seitz, 1907)" Information in ReadMe.txt Authors Benoit Nabholz1,2*, Eliette L. Reboud1,3,, Bérénice J. Lafon1, Adam M. Cotton4, Martin G. Partridge5, N. Mark Collins5 & Fabien L. Condamine1* Affiliations 1 Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier, Université de Montpellier, CNRS, IRD, Place Eugène Bataillon, 34095 Montpellier, France 2 Institut Universitaire de France, Paris, France 3 Évolution, Génomes, Comportement et Écologie, Université Paris-Saclay, CNRS, IRD, 91190 Gif-sur-Yvette, France 4 86/2 Moo 5, Tambon Nong Kwai, Hang Dong, Chiang Mai, Thailand 5 Swallowtail and Birdwing Butterfly Trust, ℅ Stephenson Smart, Queens Head House, The Street, Acle, Norfolk, NR13 3DY, UK. Authors for correspondence (*): Benoit Nabholz ([e-mail]) and Fabien L. Condamine ([e-mail]) (In ReadMe.txt)#### Explanation of the content of files and folders to uncompress archive use tar -xzvf command such as:tar -xzvf Scripts.tar.gz ### ScriptsScripts/ – Folder containing scripts Script_britannicus.bash – Script to reproduce genomic analyses britannicus_popGen.R – Script to reproduce figures and statistical analyses ### AssembliesPapilionini_Papilio_machaon_FC3013_pool_megahit_asm_purged.fasta.gz = megahit+purge_dups assembly of FC3013 individualsPapilionini_Papilio_machaon_FC3013_pool_megahit_purged_ragtag_GCF912999745_asm.fasta.gz = RAG-TAG guided assembly using GCF_912999745.1_ilPapMach1.1 assembly as guide ### Data All_machaon_noindels_nosexchr.recode.vcf.gz – VCF with all individuals, without indels and sex chromosomes All_machaon_Q200_noindels_goodSNP_nomissing_nosexchr.vcf.gz – VCF after filtering for high-quality SNPs Analyses/ GADMA/ – GADMA analysis folder Geno/ – Geno files for PCA analyses PnPs/ – Results of the Pn/Ps analyses RoH/ – Results of the RoH analyses Scan/ – Population genetics statistics SNPEFF/ – Results of the SNPEFF SNP annotation Treemix/ – Treemix analysis folder Fasta/ – Whole-genome alignments split into 100 kb windows FastaCDS/ – CDS alignments Heterozygosity/ – Results of the heterozygosity analysis ncbi_dataset/ – Papilio machaon annotations downloaded from NCBI and used in SNPEFF Papilio_machaon_hardmasked.fasta – Repeat-masked reference genome quantile.cov.txt – File with coverage quantiles本数据集为论文《特有但未衰退：英国凤蝶（*Papilio machaon britannicus* Seitz, 1907）的基因组特异性与保护基因组学》的补充数据，详细说明见ReadMe.txt文件。 作者：Benoit Nabholz¹,²*, Eliette L. Reboud¹,³, Bérénice J. Lafon¹, Adam M. Cotton⁴, Martin G. Partridge⁵, N. Mark Collins⁵ 及 Fabien L. Condamine¹* 作者单位： 1. 法国蒙彼利埃大学、法国国家科学研究中心（CNRS, *Centre National de la Recherche Scientifique*）、法国发展研究所（IRD, *Institut de Recherche pour le Développement*）蒙彼利埃进化科学研究所，地址：法国蒙彼利埃市欧仁·巴塔永广场，邮编34095 2. 法国巴黎大学研究院（Institut Universitaire de France），法国巴黎 3. 巴黎萨克雷大学、法国国家科学研究中心、法国发展研究所进化、基因组、行为与生态学实验室，地址：法国吉夫叙尔伊特市91190号 4. 泰国清迈府杭东县农桂区86/2 Moo 5 5. 英国凤蝶与鸟翼蝶信托基金（Swallowtail and Birdwing Butterfly Trust），地址：英国诺福克郡阿克勒镇新街Queen's Head House，转交Stephenson Smart，邮编NR13 3DY 通讯作者（*标注）：Benoit Nabholz（邮箱：[e-mail]）与 Fabien L. Condamine（邮箱：[e-mail]） （详见ReadMe.txt）#### 文件与文件夹内容说明 可通过`tar -xzvf`命令解压归档文件，示例：`tar -xzvf Scripts.tar.gz` ### 脚本文件夹（Scripts/） Scripts/：存放分析脚本的目录 Script_britannicus.bash：用于复现基因组分析的Shell脚本 britannicus_popGen.R：用于复现图表与统计分析的R脚本 ### 基因组组装文件（Assemblies） Papilionini_Papilio_machaon_FC3013_pool_megahit_asm_purged.fasta.gz：基于FC3013混合个体的megahit+purge_dups组装结果 Papilionini_Papilio_machaon_FC3013_pool_megahit_purged_ragtag_GCF912999745_asm.fasta.gz：以GCF_912999745.1_ilPapMach1.1基因组组装为参考的RAG-TAG辅助组装结果 ### 数据文件 All_machaon_noindels_nosexchr.recode.vcf.gz：包含所有个体的VCF（变异检测格式，Variant Call Format）文件，已剔除插入缺失序列与性染色体 All_machaon_Q200_noindels_goodSNP_nomissing_nosexchr.vcf.gz：经过高质量单核苷酸多态性（SNP）过滤后的VCF文件 Analyses/：分析结果目录 GADMA/：GADMA种群历史分析结果目录 Geno/：用于主成分分析（PCA, *Principal Component Analysis*）的Geno格式文件 PnPs/：Pₙ/Pₛ（同义替换/非同义替换率）分析结果 RoH/：纯合子连续区段（Runs of Homozygosity, RoH）分析结果 Scan/：种群遗传学统计结果 SNPEFF/：SNPEFF SNP注释分析结果 Treemix/：Treemix种群结构分析结果目录 Fasta/：以100 kb窗口拆分的全基因组比对文件 FastaCDS/：编码序列（CDS）比对文件 Heterozygosity/：杂合性分析结果 ncbi_dataset/：从NCBI下载并用于SNPEFF注释的*Papilio machaon*基因组注释文件 Papilio_machaon_hardmasked.fasta：重复序列屏蔽后的参考基因组 quantile.cov.txt：覆盖度分位数文件