Low-Frequency ORF4b Variants in MERS-CoV Perturb PDE-Mediated IFN Antagonism at Catalytic H35/H37/H39, NLS K45, and Structural P95 Under Purifying Selection

This dataset presents a residue-resolution surveillance of MERS-CoV ORF4b, an accessory protein that suppresses type I interferon by degrading 2′-5′ oligoadenylates via its phosphodiesterase (PDE) activity. We specifically interrogate experimentally validated functional elements: Catalytic His-rich motif (H35, H37, H39, E38): essential for PDE enzymatic functionNuclear localization signal (NLS; residues 43 - 50): required for nuclear import and IRF3/7 antagonismRNase L interaction surface (residues 60 - 79): mediates substrate recognitionStructural proline P95: maintains loop conformation Across 587 global ORF4b sequences, all observed variants are low-frequency (<2.1%), non-gain-of-function, and predicted to mildly attenuate, not enhance, IFN suppression. No evidence of adaptive evolution toward increased immune evasion was detected. The data confirm strong purifying selection on ORF4b’s functional architecture. Files generated: Full gapped alignment (MERSCoV_ORF4b_aligned_padded.fasta)Variant subsets for key residues (H35, H37, H39, K45, P95)8 detailed functional reports (PDE core, NLS integrity, entropy, truncation, etc.)Summary interpretation for manuscript-ready useThis resource enables ongoing monitoring of MERS-CoV’s capacity for innate immune antagonism and supports anticipatory modeling of viral attenuation or stability. Study by: Tahir HB本数据集针对中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）附属蛋白ORF4b开展了残基分辨率的监测研究。该蛋白可通过其磷酸二酯酶（phosphodiesterase, PDE）活性降解2′-5′寡腺苷酸（2′-5′ oligoadenylates），从而抑制I型干扰素（type I interferon）的产生。 本研究专门对经实验验证的功能元件进行了系统剖析： 1. 富含组氨酸的催化基序（H35、H37、H39、E38）：对PDE的酶促功能具有决定性作用； 2. 核定位信号（nuclear localization signal, NLS；残基43-50）：介导核输入并拮抗干扰素调节因子3/7（IRF3/7）通路； 3. 核糖核酸酶L（RNase L）相互作用界面（残基60-79）：介导底物识别过程； 4. 结构脯氨酸P95：维持蛋白环区的构象稳定性。 在全球范围内收集的587条ORF4b序列中，所有观测到的变异体均为低频变异（频率<2.1%），不具备功能获得性，且经预测会轻度减弱而非增强干扰素抑制能力。本研究未检测到指向免疫逃逸能力增强的适应性进化信号。 研究数据证实，ORF4b的功能架构受到强烈的纯化选择（purifying selection）作用。 本研究生成的配套文件包括： - 完整带间隙比对FASTA文件（MERSCoV_ORF4b_aligned_padded.fasta）； - 针对关键残基（H35、H37、H39、K45、P95）的变异子集数据集； - 8份详细的功能分析报告（涵盖PDE核心区域、NLS完整性、熵值分析、截短变异等多个维度）； - 可直接用于论文撰写的标准化总结解读材料。 本数据集资源可用于持续监测MERS-CoV的先天免疫拮抗能力，并为病毒衰减或稳定性的预测建模提供科学支撑。 研究负责人：Tahir HB