Global Biotic Interactions: Taxon Graph
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Global Biotic Interactions: Taxon Cache and Taxon Map Global Biotic Interactions (GloBI) provides access to existing species interaction datasets (Poelen et al. 2014, http://globalbioticinteractions.org). As part of the dataset integration and aggregation, a best effort is made to resolve, match and link taxonomic names and associated vernacular/common names, hierarchies and thumbnails. The data archives included in this publication contain established taxonomic links (taxonMap.tsv.gz) and taxonomic information (taxonCache.tsv.gz) that GloBI retrieved and integrated from taxonomic name sources and web services associated with http://itis.gov, http://globalnames.org, http://eol.org and others open data services. While GloBI is not a naming authority and the primary goal of the name matching process is to detect incorrect or outdates names, the archives may serve as an example of how to publish denormalized taxonomic records and their interrelatioships in a pragmatic way. For related discussion threads, see https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/145 , https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/274 , https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/70 , https://github.com/EOL/tramea/issues/10 and https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/274 . Files<br> <br> README <br> this file<br> <br> taxonCache.tsv.gz <br> Taxonomic name, ids, hierarchies, common names and thumbnail associated to taxa known to GloBI. Accessed at https://s3.amazonaws.com/globi/snapshot/target/data/taxa/taxonCache.tsv.gz on 31 January 2017.<br> <br> taxonCacheFirst10.tsv<br> Header and 10 following lines from taxonCache.tsv.gz.<br> <br> taxonMap.tsv.gz <br> Links between taxon name and ids across various taxon providers. Accessed at https://s3.amazonaws.com/globi/snapshot/target/data/taxa/taxonMap.tsv.gz on 31 January 2017. taxonMapFirst10.tsv<br> Header and 10 following lines from taxonMap.tsv.gz.<br> <br> prefixes.tsv<br> Term prefixes and their associated uri schemes. Column Descriptions taxonCache.tsv.gz 1 | id<br> 2 | name<br> 3 | rank<br> 4 | commonNames<br> 5 | path<br> 6 | pathIds <br> 7 | pathNames<br> 8 | externalUrl<br> 9 | thumbnailUrl<br> <br> taxonMap.tsv.gz 1 | providedTaxonId<br> 2 | providedTaxonName<br> 3 | resolvedTaxonId<br> 4 | resolvedTaxonName References Jorrit H. Poelen, James D. Simons and Chris J. Mungall. (2014). Global Biotic Interactions: An open infrastructure to share and analyze species-interaction datasets. Ecological Informatics. http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoinf.2014.08.005.
## 全球生物交互：分类群缓存与分类群映射表（Global Biotic Interactions: Taxon Cache and Taxon Map） 全球生物交互数据库（Global Biotic Interactions, GloBI）可获取现有的物种交互数据集（Poelen等，2014，http://globalbioticinteractions.org）。作为数据集整合与聚合工作的一部分，本项目竭尽所能对分类群（taxon）名称、关联的俗名/通用名、分类层级及缩略图进行解析、匹配与关联。 本出版物附带的数据存档包含GloBI从http://itis.gov、http://globalnames.org、http://eol.org及其他开放数据服务关联的分类群名称源与网络服务中获取并整合的已建立分类群关联关系（taxonMap.tsv.gz，分类群映射表）与分类群信息（taxonCache.tsv.gz，分类群缓存文件）。 尽管GloBI并非命名权威机构，且名称匹配流程的核心目标是识别错误或过时的名称，但本存档仍可作为如何以务实方式发布非规范化分类群记录及其相互关系的示例。 相关讨论线程可参阅：https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/145、https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/274、https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/70、https://github.com/EOL/tramea/issues/10 及 https://github.com/jhpoelen/eol-globi-data/issues/274。 ## 文件列表 - README：本文档 - taxonCache.tsv.gz（分类群缓存文件）：包含GloBI所收录分类群的分类群名称、标识符、分类层级、通用名及缩略图。该文件于2017年1月31日从https://s3.amazonaws.com/globi/snapshot/target/data/taxa/taxonCache.tsv.gz 获取。 - taxonCacheFirst10.tsv：taxonCache.tsv.gz的文件头及后续10行样本数据。 - taxonMap.tsv.gz（分类群映射表）：涵盖不同分类群数据源间的分类群名称与标识符的关联关系。该文件于2017年1月31日从https://s3.amazonaws.com/globi/snapshot/target/data/taxa/taxonMap.tsv.gz 获取。 - taxonMapFirst10.tsv：taxonMap.tsv.gz的文件头及后续10行样本数据。 - prefixes.tsv：术语前缀及其关联的统一资源标识符（URI）协议。 ## 列说明 ### taxonCache.tsv.gz 1. id：分类群唯一标识符 2. name：分类群学名 3. rank：分类层级 4. commonNames：通用名/俗名 5. path：分类层级路径 6. pathIds：层级路径对应的标识符 7. pathNames：层级路径对应的名称 8. externalUrl：外部资源链接 9. thumbnailUrl：缩略图链接 ### taxonMap.tsv.gz 1. providedTaxonId：输入的分类群标识符 2. providedTaxonName：输入的分类群名称 3. resolvedTaxonId：匹配得到的标准分类群标识符 4. resolvedTaxonName：匹配得到的标准分类群名称 ## 参考文献 Jorrit H. Poelen、James D. Simons 与 Chris J. Mungall（2014）。全球生物交互：用于共享与分析物种交互数据集的开放基础设施。生态信息学。http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoinf.2014.08.005.
