Dynamics of bacterial recombination in the human gut microbiome - SNV data
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Compact SNV catalogs of all the QP genomes used in the analysis of Liu & Good (PLOS Bio 2024; doi: 10.1371/journal.pbio.3002472) Originally generated in the analysis of Garud & Good et al (PLOS Bio 2019; doi: 10.1371/journal.pbio.3000102). Files includes: snvs_feather.tar.gz & snvs_parquet.tar.gz: Dataframes saved in either feather or parquet formats to optimize for space and speed. midas_db_data.tar.gz: reference genome sequences and genome features in the MIDAS database (doi:10.1101/gr.201863.115). Needed for annotating the SNV types (e.g. nonsense, missense, 4D site, etc.) Python helper functions for handling these catalogs can be found at https://github.com/zhiru-liu/LiuGood-2024-SNVs
本数据集包含Liu与Good（《PLOS生物学》2024；doi: 10.1371/journal.pbio.3002472）相关分析中所使用的全部QP基因组的紧凑型单核苷酸变异（Single Nucleotide Variant, SNV）目录，该目录最初生成于Garud、Good等人（《PLOS生物学》2019；doi:10.1371/journal.pbio.3000102）的相关分析中。 数据集包含以下文件： snvs_feather.tar.gz 与 snvs_parquet.tar.gz：分别为以feather和parquet格式存储的数据框，旨在优化存储效率与读写速度。 midas_db_data.tar.gz：MIDAS数据库（doi:10.1101/gr.201863.115）中的参考基因组序列与基因组特征文件，可用于注释单核苷酸变异类型（如无义突变、错义突变、4D位点等）。 用于处理该变异目录的Python辅助工具函数可通过以下链接获取：https://github.com/zhiru-liu/LiuGood-2024-SNVs
