Epiphyseal Cartilage Vascular Architecture at the Distal Humeral Osteochondritis Dissecans Predilection Site in Juvenile Pigs

This dataset contains all the raw source data and MATLAB analysis functions that comprise the study: Epiphyseal Cartilage Vascular Architecture at the Distal Humeral Osteochondritis Dissecans Predilection Site in Juvenile Pigs Journal of Orthopaedic Research | DOI: https://doi.org/10.1002/jor.25732 Ferenc Tóth, Department of Veterinary Clinical Sciences, College of Veterinary Medicine, University of Minnesota Mikko J. Nissi, Department of Technical Physics, University of Eastern Finland Alexandra R. Armstrong, Department of Veterinary Clinical Sciences, College of Veterinary Medicine, University of Minnesota Erick O. Buko, Department of Veterinary Clinical Sciences, College of Veterinary Medicine, University of Minnesota; Center for Magnetic Resonance Research, University of Minnesota Casey P. Johnson, Department of Veterinary Clinical Sciences, College of Veterinary Medicine, University of Minnesota; Center for Magnetic Resonance Research, University of Minnesota Corresponding author (whole study): Ferenc Tóth The University of Minnesota 1365 Gortner Ave., St. Paul, MN 55108 Tel.: [phone] Fax.: [phone] email: [e-mail] Corresponding author (data set): Mikko J. Nissi Department of Technical Physics University of Eastern Finland POB 1627, FI-70211, Kuopio, Finland [phone] [e-mail] Keywords: OCD, MRI, humerus, vasculature, pathogenesis, quantitative susceptibility mapping Included folders and files are: 3-D_visualizations - 3D_models: 3-D models of the specimens (Rhinoceros .3dm files) - Raw_Animation_files: .png format animation image exports - Ready_Animation_videos: .mp4 / .mov supplementary animation movie clips and Blender video edition files - Visualizations_w_different_lambda: visualizations of the resulting 3-D models with different MEDI L1 lambda values Figure_parts - Sub-parts of various manuscript figures Histo_images - Collections of histological images of the specimens in a powerpoint file raw_MRI_data - RAW Varian/Agilent MRI data for all specimens - Pre-processed data for each specimen: - Segmentation masks (epiphyseal cartilage, SOC) and ROI files (for Aedes) - QSM data processed as described in the manuscript, using the mask provided (VSHARP + MEDI), using MEDI-toolbox - Binary image created from the QSM data via highest-correlating binary threshold - 3-D .stl files for - AECC (articular-epiphyseal cartilage-complex) - SOC (secondary ossification center) - vasculature (from the binary-threshold-QSM data) matlab_functions - Collection of matlab functions the analysis script requires data_processing_script.m: Matlab script for producing data visualizations for most of the manuscript figures scan_protocol_by_sample.xls: Excel file listing the primary scan parameters for each specimen README.txt: this file (Mikko Nissi, Nov 17, 2023)本数据集包含构成本研究的全部原始源数据与MATLAB分析函数： 幼年猪肱骨远端剥脱性骨软骨炎（Osteochondritis Dissecans, OCD）好发部位的骨骺软骨血管架构 《骨与关节研究杂志》（Journal of Orthopaedic Research）| DOI：https://doi.org/10.1002/jor.25732 费伦·托特（Ferenc Tóth），明尼苏达大学兽医学院兽医临床科学系 米科·J·尼西（Mikko J. Nissi），东芬兰大学技术物理系 亚历山德拉·R·阿姆斯特朗（Alexandra R. Armstrong），明尼苏达大学兽医学院兽医临床科学系 埃里克·O·布科（Erick O. Buko），明尼苏达大学兽医学院兽医临床科学系；明尼苏达大学磁共振研究中心 凯西·P·约翰逊（Casey P. Johnson），明尼苏达大学兽医学院兽医临床科学系；明尼苏达大学磁共振研究中心 本研究通讯作者： 费伦·托特 明尼苏达大学 美国明尼苏达州圣保罗市戈特纳大道1365号，邮编55108 电话：612-624-7727 传真：612-624-8753 电子邮箱：[e-mail] 本数据集通讯作者： 米科·J·尼西 东芬兰大学技术物理系 芬兰库奥皮奥市，邮政信箱1627，邮编FI-70211 电话：[phone] 电子邮箱：[e-mail] 关键词：剥脱性骨软骨炎（Osteochondritis Dissecans, OCD）、磁共振成像（Magnetic Resonance Imaging, MRI）、肱骨、脉管系统、发病机制、定量磁化率成像（Quantitative Susceptibility Mapping, QSM） 本数据集包含的文件夹与文件如下： 3-D_visualizations - 3D_models：标本的三维模型（Rhinoceros .3dm格式文件） - Raw_Animation_files：.png格式的动画图像导出文件 - Ready_Animation_videos：.mp4/.mov格式的补充动画短片与Blender视频编辑文件 - Visualizations_w_different_lambda：采用不同MEDI L1正则化lambda值生成的三维模型可视化效果 Figure_parts - 各类论文图表的子组件 Histo_images - 存储于PowerPoint文件中的标本组织学图像集 raw_MRI_data - 所有标本的原始Varian/Agilent磁共振成像数据 - 各标本的预处理数据： - 分割掩码（骨骺软骨、继发骨化中心（Secondary Ossification Center, SOC））与感兴趣区域（Region of Interest, ROI）文件（适配Aedes软件） - 按论文所述流程处理的定量磁化率成像（QSM）数据：使用提供的分割掩码（VSHARP + MEDI算法），依托MEDI工具箱完成处理 - 通过最高相关二元阈值法从QSM数据生成的二值图像 - 以下三维.stl格式文件： - 关节-骨骺软骨复合体（Articular-Epiphyseal Cartilage-Complex, AECC） - 继发骨化中心（SOC） - 脉管系统（源自二值阈值化后的QSM数据） matlab_functions - 分析脚本所需的MATLAB函数集 data_processing_script.m：用于生成论文多数图表数据可视化效果的MATLAB脚本 scan_protocol_by_sample.xls：列明各标本主要扫描参数的Excel文件 README.txt：本说明文件 （米科·尼西，2023年11月17日）