PTC2-Microbiome: Raw Data, Processed Data, and Documents

This dataset contains: Raw 16S rRNA sequencing data (Raw_sequences.zip files (n=5)) Processed phyloseq object (ps.rds) Processed taxon list created by referencing the SILVA database (taxa.rds) Sample metadata (Metadata.csv) Processed files generated for the taxon level analysis plots (Taxon_level.zip) Main-text figures (1-7) Amplicon sequence variant (ASV) and taxonomy table (Table 1) Supplemental figures (S1-9) Supplemental processed data (S1-2) See the associated GitHub repository for all R Markdown analysis scripts: https://github.com/jaderby2/PTC2-Microbiome.本数据集包含如下内容： 1. 原始16S核糖体RNA（16S rRNA）测序数据：共计5个Raw_sequences.zip压缩文件（n=5） 2. 处理后的phyloseq对象（ps.rds） 3. 参考SILVA数据库构建的处理后分类群列表（taxa.rds） 4. 样本元数据（Metadata.csv） 5. 用于分类群水平分析绘图的处理后文件（Taxon_level.zip） 6. 正文插图（1-7） 7. 扩增子序列变异体（Amplicon Sequence Variant，ASV）与分类学表格（表1） 8. 补充插图（S1-9） 9. 补充处理后数据（S1-2） 所有R Markdown分析脚本请参阅关联的GitHub仓库：https://github.com/jaderby2/PTC2-Microbiome。