Genetic analyses of eight complex diseases using predicted continuous representations of disease

This repository contains the following contents: Pooled ancestry summary statistics (used for main comparison analyses) Case-control regenie outputs.gzip Predicted (all feature) regenie outputs.gzip PLINK clumping outputs.zip Ancestry-specific summary statistics (used for MTAG and PRS) Ancestry-specific case-control regenie outputs.gzip Ancestry-specific predicted (all feature) regenie outputs.gzip PLINK clumping outputs (MTAG analyses).gzip Other files Analysis scripts.zip: Additional analysis scripts (e.g., regenie, MTAG, PRS-CSx) that can also be found in the accompanying GitHub repository. Data and code for figures and tables.zip: Files and code needed to reproduce key figures and tables. Mendelian randomization results.tsv: IVW and robust Mendelian randomization results for all tested exposure-outcome pairs MTAG outputs.gzip: MTAG results and summary statistics (IMPORTANT: Trait 2 is the boosted case-control phenotype) PRS-CSx weights.gzip: Per variant weights for each ancestry Variant to gene map.pkl: Pickle file mapping all tested variants to genes using Ensembl VEP and Open Targets V2G. Note Full summary statistics for sensitivity analyses (e.g., feature ablation) are too numerous to be included here (50 GB limit). Please contact the corresponding author for these files.本数据集仓库包含以下内容： 合并血统汇总统计量（用于主要比较分析） 病例-对照regenie分析输出文件（.gzip压缩格式） 全特征预测结果regenie分析输出文件（.gzip压缩格式） PLINK聚类过滤输出文件压缩包（.zip格式） 特定血统汇总统计量（用于MTAG与多基因风险评分（PRS）分析） 特定血统病例-对照regenie分析输出文件（.gzip压缩格式） 特定血统全特征预测结果regenie分析输出文件（.gzip压缩格式） （MTAG分析用）PLINK聚类过滤输出文件（.gzip压缩格式） 其他文件 分析脚本压缩包（.zip格式）：包含额外分析脚本（如regenie、MTAG、PRS-CSx），亦可在配套的GitHub仓库中获取。 图表与表格复现文件及代码压缩包（.zip格式）：用于复现核心图表与表格的全部文件与代码。 孟德尔随机化分析结果文件（.tsv格式）：包含所有测试暴露-结局对的逆方差加权（Inverse Variance Weighted, IVW）与稳健孟德尔随机化分析结果。 MTAG分析输出文件（.gzip压缩格式）：MTAG分析结果与汇总统计量（重要提示：性状2为增强型病例-对照表型）。 PRS-CSx权重文件（.gzip压缩格式）：各血统的单变异权重数据。 变异-基因映射文件（.pkl格式）：使用Ensembl VEP与Open Targets V2G工具，将所有测试变异映射至对应基因的Pickle格式文件。 注：敏感性分析（如特征消融实验）的完整汇总统计量数量过多，受限于50GB的存储上限，无法在此仓库中提供。如需获取此类文件，请联系通讯作者。