SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus Deutschland

Ein zentraler Bestandteil einer erfolgreichen Erregersurveillance ist das Verständnis der Verbreitung eines Erregers sowie seiner pathogenen Eigenschaften. Hierbei stellt das Wissen über das Erregergenom eine wichtige Informationsquelle dar. So erlaubt der Nachweis von Mutationen im Genom eines Erregers, Verwandtschaftsbeziehungen zu rekonstruieren, Übertragungswege aufzudecken und Resistenzen vorherzusagen. Die Integrierte Genomische Surveillance (IGS) von SARS-CoV-2 zielt darauf ab, die Verbreitung des Virus und insbesondere von besorgniserregenden Virusvarianten in der Bevölkerung zu überwachen sowie auftretende Veränderungen des Virus genau zu beobachten. Besondere Bedeutung kommt dabei der öffentlichen Bereitstellung der genomischen Daten zu, um Wissenschaftlern in Deutschland und weltweit die Möglichkeit zu eigenständigen Analysen zu eröffnen. Im Rahmen der Coronavirus-Surveillanceverordnung wurden bis zum 31.05.2023 SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) an das RKI übermittelt. Mit Ablauf der Verordnung werden künftig Proben durch das IMSSC2 Labornetzwerk bereitgestellt und am RKI sequenziert, analysiert und hier bereitgestellt. Trotz reduzierter Probenanzahl, wird durch die sorgfältige Auswahl der beteiligten Labore ein repräsentativer Einblick in die Viruspopluation gesichert (Djin Ye Oh et al. 2022). Zusätzlich werden Sequenzen vom NRZ Coronaviren an der Charité beigetragen um das IMSSC2 Netzwerk zu ergänzen.成功的病原体监测工作，核心在于掌握病原体的传播动态与致病特性。其中，病原体基因组信息是至关重要的支撑性数据源：通过检测病原体基因组中的突变，可重构其亲缘演化关系、追溯传播路径并预测其耐药性。 新型冠状病毒（SARS-CoV-2）整合基因组监测（Integrated Genomic Surveillance, IGS）旨在监测该病毒在人群中的传播动态，重点关注受关注变异株的流行情况，并精准追踪病毒的各类新发变异。其中，面向全社会开放基因组测序数据具有重要意义，可为德国及全球的科研人员开展自主分析提供便利。 根据《冠状病毒监测条例》，截至2023年5月31日，德国全境的SARS-CoV-2测序数据均通过德国电子测序数据枢纽（Deutsches Elektronisches Sequenzdaten-Hub, DESH）提交至罗伯特·科赫研究所（Robert Koch-Institut, RKI）。随着该条例正式废止，未来将由IMSSC2实验室网络提供检测样本，由罗伯特·科赫研究所完成测序、分析并对外发布相关数据。尽管样本数量有所缩减，但通过对参与实验室的严格遴选，仍可确保对病毒种群的代表性监测覆盖（Djin Ye Oh等，2022）。此外，柏林夏里特（Charité）的冠状病毒国家参考中心（NRZ Coronaviren）将提供测序数据，以补充IMSSC2实验室网络的监测资源。