SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus Deutschland

Ein zentraler Bestandteil einer erfolgreichen Erregersurveillance ist das Verständnis der Verbreitung eines Erregers sowie seiner pathogenen Eigenschaften. Hierbei stellt das Wissen über das Erregergenom eine wichtige Informationsquelle dar. So erlaubt der Nachweis von Mutationen im Genom eines Erregers, Verwandtschaftsbeziehungen zu rekonstruieren, Übertragungswege aufzudecken und Resistenzen vorherzusagen. Die Integrierte Genomische Surveillance (IGS) von SARS-CoV-2 zielt darauf ab, die Verbreitung des Virus und insbesondere von besorgniserregenden Virusvarianten in der Bevölkerung zu überwachen sowie auftretende Veränderungen des Virus genau zu beobachten. Besondere Bedeutung kommt dabei der öffentlichen Bereitstellung der genomischen Daten zu, um Wissenschaftlern in Deutschland und weltweit die Möglichkeit zu eigenständigen Analysen zu eröffnen. Im Rahmen der Coronavirus-Surveillanceverordnung wurden bis zum 31.05.2023 SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus ganz Deutschland über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) an das RKI übermittelt. Mit Ablauf der Verordnung werden künftig Proben durch das IMSSC2 Labornetzwerk bereitgestellt und am RKI sequenziert, analysiert und hier bereitgestellt. Trotz reduzierter Probenanzahl, wird durch die sorgfältige Auswahl der beteiligten Labore ein repräsentativer Einblick in die Viruspopluation gesichert (Djin Ye Oh et al. 2022). Zusätzlich werden Sequenzen vom NRZ Coronaviren an der Charité beigetragen um das IMSSC2 Netzwerk zu ergänzen.成功开展病原体监测的核心要素之一，是掌握病原体的传播态势及其致病特性。其中，病原体基因组相关知识是关键的信息来源。通过检测病原体基因组中的突变，可重构其亲缘关系、追溯传播路径并预测耐药性。 严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）整合基因组监测（Integrated Genomic Surveillance, IGS）旨在监测该病毒在人群中的传播态势，尤其是对引发关注的病毒变异株，并精准追踪病毒出现的各类变异。其中，面向公众开放基因组数据具有重要意义，可为德国乃至全球的科研人员开展自主分析提供支持。 依据《冠状病毒监测条例》，截至2023年5月31日，全德范围内的SARS-CoV-2序列数据已通过德国电子序列数据中心（Deutsches Elektronischen Sequenzdaten-Hub, DESH）提交至罗伯特·科赫研究所（Robert Koch Institute, RKI）。该条例失效后，未来将由IMSSC2实验室网络提供样本，并在RKI完成测序、分析及数据发布。尽管样本数量有所减少，但通过对参与实验室的严格遴选，仍可确保对病毒群体的代表性观测（Djin Ye Oh等，2022）。此外，柏林夏里特大学医学院的冠状病毒国家参考中心（Nationales Referenzzentrum für Coronaviren, NRZ Coronaviren）也将贡献序列数据，以补充IMSSC2实验室网络。