Selected Download Files from the PFAS Tree

This is an archive of download files from certain sections of the PFAS and Fluorinated Compounds in PubChem. Details about the "PFAS Tree" are available in the documentation and described in Schymanski et al. (2023) DOI: 10.1021/acs.est.3c04855. Please cite the article if you use these resources. The files provided are: All (merged) entries in the CompTox Lists - 17,492 entries All (merged) entries in the NORMAN-SLE Lists - 6,948 entries All entries in the NIST PFAS List - 4,964 entries All (merged) entries in the Regulatory Collections - 27,109* entries All (merged) entries in the "Other diverse fluorinated compounds" node - 177,565* entries All (merged) entries in the "Molecule contains PFAS parts larger than CF2/CF3" node - 240,702* entries(this is the subset of the OECD PFAS Definition set that contains parts larger than CF2/CF3) All (merged) entries in the "OECD PFAS Definition" node - 7,191,004* entries(this is all neutral PFAS species in PubChem meeting the OECD PFAS definition as of 30 Sept. 2025) All (merged) entries in the "PFAS Breakdowns by Chemistry" node - 8,276,632* entries(this includes all the compounds in the OECD PFAS definitions section plus salts, mixtures and other species that also fit the definition). A text file containing the CIDs from the Organofluorine compounds collection, retrieved via PUG REST (code here, or direct URL) - 22,038,283 entries. A tab separated mapping file explaining the column headers, including the old (pre April 2025) and new column headers. * Note: on Sept 30, not all CIDs mapped to live records due to out-of-sync updates. The numbers in the download files differ from totals displayed on the classification browser. Download => Display total. 27,109=>27,112; 177,565=>177,596; 240,702=>240,741; 7,191,004=>7,193,873; 8,276,632=>8,280,022.本数据集为PubChem数据库中全氟和多氟烷基物质（Per- and Polyfluoroalkyl Substances, PFAS）与含氟化合物相关板块的下载文件归档。关于“PFAS分类树”的详细说明可查阅配套文档，相关内容详见Schymanski等人2023年发表的研究（DOI: 10.1021/acs.est.3c04855）。若使用本数据集资源，请引用该文献。 本次提供的文件包括： - CompTox列表中所有（已合并）条目——共17,492条 - NORMAN-SLE列表中所有（已合并）条目——共6,948条 - NIST PFAS列表中所有条目——共4,964条 - 监管收集集所有（已合并）条目——共27,109*条 - “其他多样含氟化合物”节点下所有（已合并）条目——共177,565*条 - “分子包含大于CF2/CF3的PFAS结构片段”节点下所有（已合并）条目——共240,702*条（该集合为OECD PFAS定义集中包含大于CF2/CF3结构片段的子集） - “OECD PFAS定义”节点下所有（已合并）条目——共7,191,004*条（该集合为截至2025年9月30日，PubChem中符合OECD PFAS定义的所有中性PFAS物种） - “按化学分类的PFAS细分”节点下所有（已合并）条目——共8,276,632*条（该集合包含OECD PFAS定义章节中的所有化合物，以及符合该定义的盐类、混合物与其他物种） - 一个文本文件，包含通过PUG REST接口获取的有机氟化合物集合的化合物标识号（Compound Identification, CID）——共22,038,283条（获取代码及直接链接详见此处） - 一个制表符分隔的映射文件，用于说明列标题，包含2025年4月之前的旧版列标题与新版列标题。 * 备注：由于更新不同步，截至2025年9月30日，并非所有CID均能映射至有效记录。下载文件中的条目数量与分类浏览器上显示的总条数存在差异：下载数量=>展示总条数，具体对应关系为：27,109=>27,112；177,565=>177,596；240,702=>240,741；7,191,004=>7,193,873；8,276,632=>8,280,022。