XIMU: eXpressive Inference-based Motif Utilities Database v1.0.0

Pre-built XIMU database for low-complexity region (LCR) retrieval across 26 species. Contains 841,524 indexed proteins and 13,287,321 sliding windows (48 aa, stride 24 aa), encoded as 26-dimensional physicochemical feature vectors. Files included:- ximu.faiss: Faiss IVF-PQ vector index (required for retrieval)- ximu_windows.parquet: window metadata and feature table- ximu_meta.db: protein metadata and full sequences Source code: https://github.com/FomalhautBell/XIMU Species coverage: Triticum timopheevii, Triticum aestivum, Brassica napus, Oryza sativa, Zea mays, Gossypium raimondii, Hordeum vulgare, Solanum lycopersicum, Physcomitrium patens, Danio rerio, Amborella trichopoda, Homo sapiens, Xenopus tropicalis, Mus musculus, Chlamydomonas reinhardtii, Drosophila melanogaster, Bradyrhizobium japonicum, Saccharomyces cerevisiae, Escherichia coli, Schizosaccharomyces pombe, Synechocystis sp., and five additional green algae proteomes.预构建的XIMU数据库，用于跨26个物种的低复杂度区域（low-complexity region，LCR）检索。该数据库包含841,524个已索引蛋白质与13,287,321个滑动窗口（窗口长度为48个氨基酸，步长为24个氨基酸），所有滑动窗口均被编码为26维理化特征向量。 包含的文件： - ximu.faiss：Faiss IVF-PQ向量索引（检索必需文件） - ximu_windows.parquet：滑动窗口元数据与特征表 - ximu_meta.db：蛋白质元数据与完整序列 源代码：https://github.com/FomalhautBell/XIMU 物种覆盖范围：提莫菲维小麦（Triticum timopheevii）、普通小麦（Triticum aestivum）、甘蓝型油菜（Brassica napus）、水稻（Oryza sativa）、玉米（Zea mays）、雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii）、大麦（Hordeum vulgare）、番茄（Solanum lycopersicum）、小立碗藓（Physcomitrium patens）、斑马鱼（Danio rerio）、无油樟（Amborella trichopoda）、智人（Homo sapiens）、热带爪蟾（Xenopus tropicalis）、小家鼠（Mus musculus）、莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）、黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）、大豆根瘤菌（Bradyrhizobium japonicum）、酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）、大肠杆菌（Escherichia coli）、粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）、集胞藻属未定种（Synechocystis sp.），以及另外5种绿藻类蛋白质组。