SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus Deutschland

Für die Planung von Maßnahmen zur Eindämmung von COVID-19 kommt der genauen Kenntnis der Eigenschaften von SARS-CoV-2 eine zentrale Bedeutung zu. Eine besondere Rolle spielen in diesem Zusammenhang Mutationen des Virus. Für eine erfolgreiche Eindämmung der Pandemie ist es daher entscheidend, einen detaillierten Überblick über die Ausbreitungsmuster spezifischer SARS-CoV-2-Mutationen zu erhalten und auch neue Mutation frühzeitig zu entdecken.Hierfür stellt das Robert Koch-Institut die Systeme zur bundesweiten molekularen Surveillance bereit. Jedes Labor in Deutschland, das SARS-CoV-2 sequenziert, ist laut der Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 verpflichtet, dem Robert Koch-Institut die Sequenz- und zugehörige Metadaten zu übermitteln. Technisch erfolgt diese Übermittlung über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH).Im Projekt "OSEDA - Offene Sequenzdaten" verpflichtet sich das RKI, die aufgearbeiteten und qualitätskontrollierten Sequenzdaten zusammen mit einer Auswahl von klinisch-epidemiologischen Daten über die öffentlich zugängliche Repositorien des European Nucleotide Archive) und GISAID für weitere Forschungsvorhaben bereitzustellen.在制定新冠疫情防控措施时，精准掌握新冠病毒（SARS-CoV-2）的各项特性具有核心意义。在此背景下，该病毒的突变发挥着尤为关键的作用。因此，若要成功遏制新冠大流行，关键在于详尽掌握特定SARS-CoV-2突变的传播规律，并及早发现新型突变。 为此，罗伯特·科赫研究所（Robert Koch-Institut, RKI）搭建了覆盖全德国的分子监测系统。根据《新冠病毒SARS-CoV-2分子遗传学监测条例》，德国境内所有对SARS-CoV-2开展测序工作的实验室，均有义务向罗伯特·科赫研究所提交测序数据及相关元数据。从技术层面而言，数据提交通过德国电子测序数据中心（Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub, DESH）完成。 在“OSEDA——开放测序数据”项目中，罗伯特·科赫研究所承诺，将经过整理优化与质量管控的测序数据，连同筛选后的临床流行病学数据，通过欧洲核苷酸档案馆（European Nucleotide Archive）及GISAID这两个公开数据库对外共享，以供后续科研工作使用。