Dataset: Vulnerability of blue carbon stocks to disturbance in sediments with low burial efficiency
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Update Summary (V2) This update includes the R scripts and datasets required to reproduce the plots and statistical analyses used in this study. Below is a list of the R files with corresponding figure numbers and the input files required for each script to run. Figure_2_3_GSA.R · Figure 2: Cluster analysis of grain size distributions (reads dataset: GSA_data_FG.csv) · Figure 3: Grain size distribution plots for individual cores (reads dataset: R_format_all.txt) PC003_Figure4.R · Produces plots for core PC003 as an example (reads dataset: PC003_samplesummary_R.txt, PC003_Bchron.csv and PC003_Bchron_results.txt) · To run for other cores, update the code with the desired core number and depth · Input files for cores PC004, PC005, and GC009 are available on Zenodo Figure_5_6_7_TOC_TGA.R · Figure 5: TOC vs. Depth (0–100 cm) for all cores (reads dataset: FG_all_TOC_mud.txt) · Figure 6a: TOC/mud vs. Depth (0–10 cm) relationships for all cores (reads dataset: FG_all_TOC_mud.txt) · Figure 6b: TN/TOC vs. Depth (0–10 cm) relationships for all cores (reads dataset: NTOC_depth_all.txt) · Figure 7: Thermogravimetric analysis profiles for PC003, PC004, and PC005 (reads dataset: FG_reactivity.csv) Figure_8_FG_age_depth.R · Plots calibrated radiocarbon dates (this study and published; reads dataset: FG_dates_published_new.txt) · Generates Bchron age-depth model (Figure 8; reads dataset: FG_Bchron_all.csv and FG_Bchron_Out_results.txt) Figure_9_BSS_RSL.R · Loads dataset containing Bed Shear Stress (BSS), Relative Sea Level (RSL), and Mean Water Depth over time (FG_BSS_R.csv) ------------------------------- V1 Files contain the following data for sediment cores PC003, PC004, PC005 and GC009: Dry bulk density (g/cm3) Water content (%) Gravel content (%) Sand content (%) Mud content (%) Folk scheme category CaCO3 (%) Total Carbon (TC; %) Total Inorganic Carbon (TIC; %) Total Organic Carbon (TOC; %) Total Nitrogen (TN; %) TN/TOC Core ID Latitude (°N) Longitude (°E) Water depth (m) Core length (cm) PC003 58.118 0.270 147 832 PC004 58.375 0.516 151 793 PC005 58.516 0.417 145 646 GC009 59.767 -0.445 141 180
更新说明（V2版） 本次更新包含本研究中用于复现所有图表与统计分析所需的R脚本及配套数据集。下文将按R脚本文件分类，列明各脚本对应的图表编号，以及运行该脚本所需的输入文件。 ### Figure_2_3_GSA.R · 图2：粒度分布聚类分析（读取数据集：`GSA_data_FG.csv`） · 图3：单根岩芯的粒度分布曲线（读取数据集：`R_format_all.txt`） ### PC003_Figure4.R · 以岩芯PC003为例生成绘图结果（读取数据集：`PC003_samplesummary_R.txt`、`PC003_Bchron.csv`及`PC003_Bchron_results.txt`） · 若需为其他岩芯运行该脚本，只需将代码中的目标岩芯编号与深度参数替换即可 · 岩芯PC004、PC005与GC009的输入文件可在Zenodo平台获取 ### Figure_5_6_7_TOC_TGA.R · 图5：所有岩芯的总有机碳（Total Organic Carbon, TOC）与深度（0–100 cm）关系图（读取数据集：`FG_all_TOC_mud.txt`） · 图6a：所有岩芯的总有机碳/泥质组分与深度（0–10 cm）相关性曲线（读取数据集：`FG_all_TOC_mud.txt`） · 图6b：总氮/总有机碳（Total Nitrogen/Total Organic Carbon, TN/TOC）与深度（0–10 cm）的相关性曲线（读取数据集：`NTOC_depth_all.txt`） · 图7：岩芯PC003、PC004与PC005的热重分析（Thermogravimetric Analysis, TGA）图谱（读取数据集：`FG_reactivity.csv`） ### Figure_8_FG_age_depth.R · 绘制校正后的放射性碳定年结果（涵盖本研究数据与已发表数据；读取数据集：`FG_dates_published_new.txt`） · 生成Bchron年代-深度模型（对应图8；读取数据集：`FG_Bchron_all.csv`与`FG_Bchron_Out_results.txt`） ### Figure_9_BSS_RSL.R · 加载包含床面剪切应力（Bed Shear Stress, BSS）、相对海平面（Relative Sea Level, RSL）及随时间变化的平均水深的数据集（`FG_BSS_R.csv`） --- ## V1版文件说明 本次V1版文件包含岩芯PC003、PC004、PC005与GC009的如下指标数据： · 干容重（单位：g/cm³） · 含水率（单位：%） · 砾石含量（单位：%） · 砂质含量（单位：%） · 泥质含量（单位：%） · 福克沉积物分类方案（Folk scheme category） · 碳酸钙（CaCO₃）含量（单位：%） · 总碳（Total Carbon, TC）含量（单位：%） · 无机碳（Total Inorganic Carbon, TIC）含量（单位：%） · 总有机碳（Total Organic Carbon, TOC）含量（单位：%） · 总氮（Total Nitrogen, TN）含量（单位：%） · 总氮/总有机碳（TN/TOC）比值 ### 各岩芯基础参数 岩芯编号 纬度（°N） 经度（°E） 水深（m） 岩芯长度（cm） PC003 58.118 0.270 147 832 PC004 58.375 0.516 151 793 PC005 58.516 0.417 145 646 GC009 59.767 -0.445 141 180
