Presença e ausência de 26 espécies de cobras em 21 módulos RAPELD de Manaus a Porto Velho, dados ambientais, estimativas de diversidade beta taxonômica, funcional e filogenética

Coletamos dados sobre ocorrência de 26 espécies de cobras usando procura visual noturna com dois observadores em 210 parcelas RAPELD de 250 x 10 m, igualmente distribuídas em 21 módulos de 5 km2 cada (10 parcelas por módulo). Usamos esses dados para quantificar a influência de gradientes ambientais sobre estimativas de diversidade-beta taxonômica (TBD), funcional (FBD) e filogenética (PBD). TBD é o segundo eixo de uma Análise de Coordenadas Principais (PCoA), gerado com base em uma matriz de dissimilaridades Forbes entre pares de módulos. FBD foi estimada com base em distâncias Gower em pares de espécies, em relação a 10 traços funcionais (comprimento do corpo, comprimento proporcional da cauda, diâmetro do olho proporcional à cabeça, tamanho máximo de prole, hábito de vida, período de forrageio, modo de forrageio, dieta, comportamento defensivo e modo reprodutivo). A matriz de distâncias Gower foi usada para construir uma árvore funcional, e FBD foi estimada pela soma dos comprimentos dos galhos por módulo (funcção dbFD do pacote FD do R). PBD foi estimada pela soma do comprimento de galhos (função phylosor do pacote picante do R) de uma subárvore filogenética obtida de Pyron et al. (2013), a qual é baseada em 7 marcadores nucleares e 5 mitocondriais. Os gradientes testados foram porcentagem de argila no solo (PPBio), distância vertical da bacia de drenagem mais próxima (HAND, raster do Ambdata), porcentagem de cobertura arbórea (raster do Ambdata), temperatura do mês mais frio e precipitação do mês mais úmido (ambas do Worldclim) foram quantificados sobre cada estimativa de diversidade (Fraga et al., 2018). Dados de ocorrência de quatro espécies também foram utilizados para estimar isolamento de fluxo gênico por distância geográfica e resistência ambiental (Fraga et al., 2017). We collected data on the occurrence of 26 species of snakes using nocturnal visual search with two observers in 210 RAPELD plots of 250 x 10 m, equally distributed in 21 5 km2 modules each (10 plots per module). We used this data to quantify the influence of environmental gradients on estimates of taxonomic beta-diversity (TBD), functional (FBD) and phylogenetic (PBD). TBD is the second axis of a Principal Coordinate Analysis (PCoA), generated based on an array of Forbes dissimilarities between pairs of modules. FBD was estimated based on Gower distances in pairs of species, in relation to 10 functional traits (body length, proportional tail length, head diameter proportional to head, maximum offspring size, life habit, foraging period, mode foraging, diet, defensive behavior, and reproductive mode). The Gower distances matrix was used to construct a functional tree, and FBD was estimated by the sum of the tree lengths per module (dbFD function of the FD package of the R). PBD was estimated by the sum of the tree length (phylosor function of the R spice) of a phylogenetic subtree obtained from Pyron et al. (2013), which is based on 7 nuclear and 5 mitochondrial markers. The gradients tested were soil clay percentage (PPBio), vertical distance from the nearest drainage basin (HAND, Ambdata raster), percentage of tree cover (Ambdata raster), coldest month temperature and rainfall of the wettest month (both from Worldclim) were quantified on each diversity estimate (Fraga et al., 2018). Data on the occurrence of four species were also used to estimate gene flow isolation by geographic distance and environmental resistance (Fraga et al., 2017).

本研究采用双观察者夜间目视调查法，于210块250×10 m的RAPELD样地（RAPELD）中收集了26种蛇类的出现数据；所有样地均匀分布于21个面积均为5 km²的模块中，每个模块包含10块样地。本研究利用上述数据，量化了环境梯度对分类学β多样性（taxonomic beta-diversity, TBD）、功能β多样性（functional beta-diversity, FBD）以及系统发育β多样性（phylogenetic beta-diversity, PBD）估算结果的影响。其中，分类学β多样性（TBD）为主坐标分析（Principal Coordinate Analysis, PCoA）的第二轴，其生成基于模块对之间的Forbes相异度矩阵。功能β多样性（FBD）基于物种对之间的Gower距离进行估算，所用的10项功能性状包括：体长、尾长占比、眼径与头径之比、最大子代体型、生活习性、觅食时段、觅食模式、食性、防御行为以及繁殖方式。本研究利用Gower距离矩阵构建功能树，并通过各模块的树长总和估算FBD（所用工具为R语言FD包的dbFD函数）。系统发育β多样性（PBD）通过Pyron等人（2013）构建的系统发育子树的枝长总和进行估算，该子树基于7个核标记和5个线粒体标记构建，所用工具为R语言picante包的phylosor函数。本研究测试的环境梯度包括：土壤黏粒百分比（PPBio）、距最近流域的垂直距离（HAND，Ambdata栅格数据）、林木覆盖率（Ambdata栅格数据）、最冷月均温与最湿月降水量（二者均来自Worldclim数据集），并将上述梯度量化至各多样性估算结果中（Fraga et al., 2018）。此外，本研究还利用4个物种的出现数据，估算了由地理距离和环境阻力导致的基因流隔离程度（Fraga et al., 2017）。