COSMOS Data Cohorts

COSMOS Study - TCGA Patient Barcodes Study: A 24-month biological transition from proliferation to immune dominance in cancer recurrence Files Description 1- TCGA BRCA Validation Cohort Code.csv TCGA Breast Invasive Carcinoma patients used for transcriptomic validation N = 1096 patients Columns: patient_id, cancer_type, os_time_days, os_time_months, os_status, temporal_phase 2- TCGA LUAD Validation Cohort.csv TCGA Lung Adenocarcinoma patients used for transcriptomic validation N = 513 patients Columns: patient_id, cancer_type, os_time_days, os_time_months, os_status, temporal_phase 3- TCGA patient cohort (complete list).csv Extended Cox regression analysis across 9 TCGA cancer types Filter: Overall survival follow-up ≥605 days (≈20 months) N = 2871 patients across 9 cancer types Cancer types: BRCA, COAD, HNSC, KIRC, LIHC, LUAD, LUSC, STAD, UCEC Columns: patient_id, cancer_type, os_time_days, os_time_months, os_status, temporal_phase Data Sources Clinical outcomes: TCGA-CDR (Liu et al., Cell 2018, DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.052) Original data: NCI Genomic Data Commons (https://portal.gdc.cancer.gov) Temporal Phase Definition Early (≤24m): Patients with overall survival ≤24 months Late (>24m): Patients with overall survival >24 months Code Availability https://github.com/Sjtu-Fuxilab/COSMOSCOSMOS研究——癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）患者条形码 研究主题：癌症复发过程中从增殖到免疫主导的24个月生物学转变 文件说明 1. TCGA BRCA验证队列代码.csv：用于转录组验证的TCGA乳腺浸润癌患者，样本量为1096例，数据集列包括：患者ID（patient_id）、癌症类型（cancer_type）、总生存天数（os_time_days）、总生存月数（os_time_months）、总生存状态（os_status）、时间阶段（temporal_phase） 2. TCGA LUAD验证队列.csv：用于转录组验证的TCGA肺腺癌患者，样本量为513例，数据集列同上述文件 3. TCGA患者队列（完整列表）.csv：针对9种TCGA癌症类型开展的扩展Cox回归分析数据集，筛选条件为总生存随访时长≥605天（约20个月），共覆盖9种癌症类型的2871例患者，所涉癌症类型包括：乳腺浸润癌（BRCA）、结肠腺癌（COAD）、头颈部鳞状细胞癌（HNSC）、肾透明细胞癌（KIRC）、肝细胞癌（LIHC）、肺腺癌（LUAD）、肺鳞状细胞癌（LUSC）、胃腺癌（STAD）、子宫内膜癌（UCEC），数据集列信息同前 数据来源：临床结局数据取自TCGA-CDR（Liu等，《Cell》，2018年，DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.052）；原始数据来自美国国家癌症研究所基因组数据共享平台（NCI Genomic Data Commons，https://portal.gdc.cancer.gov） 时间阶段定义：早期（≤24个月）：总生存时长≤24个月的患者；晚期（>24个月）：总生存时长>24个月的患者 代码获取地址：https://github.com/Sjtu-Fuxilab/COSMOS