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Genomic data from Chorrillo Grande 1, Argentina

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Zenodo2023-10-27 更新2026-05-26 收录
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资源简介:

This dataset contains the genomic analyses performed on archaeological Argentinian horses using the Zonkey pipeline from the site of Chorrillo Grande 1 in southern Patagonia, in an accompanying manuscript by Taylor et al [DOI to be updated here pending publication]. The data consist of self-executing HTML files for four separate horse specimens (SAH2, SAH4, SAH5, SAH6) to be opened in a web browser that will populate automatically with associated reports on nuclear and mitochondrial DNA preservation, admixture estimates, PCA plots, Treemix plots, and mitochondrial phylogenetic trees along with associated references used in their generation. To use the resources, simply open the file "report.html" for each specimen in a web browser. For additional details on the Zonkey pipeline and detailed methods, see Schubert et al. 2017 (https://doi.org/10.1016/j.jas.2016.12.005)

本数据集收录了阿根廷巴塔哥尼亚南部乔里略格兰德1号(Chorrillo Grande 1)遗址出土考古马的基因组分析结果,分析采用Zonkey分析流程(Zonkey pipeline)完成,相关配套研究论文由Taylor等人撰写,论文DOI待出版后更新。 本次公开的数据包含4个独立马标本(SAH2、SAH4、SAH5、SAH6)对应的可自运行HTML文件,用户可通过网页浏览器打开对应文件,文件将自动加载以下相关报告内容:核基因组与线粒体DNA保存状态分析、基因混合比例估算结果、主成分分析(PCA)绘图、Treemix分析绘图以及线粒体系统发育树,同时附带生成上述分析结果所使用的相关参考文献。 使用该数据集资源的操作十分简便,仅需在网页浏览器中打开每个标本对应的"report.html"文件即可。 如需了解Zonkey分析流程及详细实验方法,请参阅Schubert等人2017年发表的研究文献(https://doi.org/10.1016/j.jas.2016.12.005)。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2023-10-27
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