Data Master Thesis: Managing Spectral Library Search Space with Deep Learning for Protein Modification Site Discovery in DIA Proteomics

results.zip├── Orbitrap AIF│ ├── diann│ │ └── raw search engine outputs│ └── alphadia│ └── raw search engine outputs ├── TTOF6600 SWATH│ ├── diann│ │ └── raw search engine outputs│ └── alphadia│ └── raw search engine outputs├── TimsTOF Pasef│ └── diann│ └── raw search engine outputs (with XICs)│ └── Orbitrap Exploris 480 ├── diann │ └── raw search engine outputs └── alphadia └── raw search engine outputsdata.zip├── proteome fasta files├── phospholingo models training data├── phospholingo predictions used to make the spectral libraries└── phosphosite-plus literature dataresults.zip ├── 轨道阱AIF（Orbitrap AIF） │ ├── DIA-NN（diann） │ │ └── 质谱搜索引擎原始输出文件 │ └── AlphaDIA（alphadia） │ └── 质谱搜索引擎原始输出文件 ├── TTOF6600 SWATH（TTOF6600 SWATH） │ ├── DIA-NN（diann） │ │ └── 质谱搜索引擎原始输出文件 │ └── AlphaDIA（alphadia） │ └── 质谱搜索引擎原始输出文件 ├── TimsTOF PASEF数据集（TimsTOF Pasef） │ └── DIA-NN（diann） │ └── 含提取离子色谱图（XICs）的质谱搜索引擎原始输出文件 └── Orbitrap Exploris 480型质谱仪（Orbitrap Exploris 480） ├── DIA-NN（diann） │ └── 质谱搜索引擎原始输出文件 └── AlphaDIA（alphadia） └── 质谱搜索引擎原始输出文件 data.zip ├── 蛋白质组FASTA文件（proteome fasta files） ├── PhosphoLing模型训练数据集（phospholingo models training data） ├── 用于构建光谱库的PhosphoLing预测结果（phospholingo predictions used to make the spectral libraries） └── PhosphoSite-plus文献数据集（phosphosite-plus literature data）