MMnGM_processed_files_build39.zip
收藏Mendeley Data2024-01-31 更新2024-06-28 收录
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资源简介：
Processed MegaMUGA and GigaMUGA (combined) SNP genotype data on the Collaborative Cross founders, for useful for preparing Diversity Outbred mouse genotypes for use with R/qtl2 (http://kbroman.org/qtl2) Equivalent to https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5404762.v2 but with physical and genetic map files revised for mouse build GRCm39 MMnGM_allelecodes.csv: allele codes used for all SNPs MMnGM_foundergeno*.csv: consensus genotypes for each of the 8 founder lines MMnGM_gmap*.csv: Genetic map positions of the SNPs MMnGM_info.csv: marker, chr, Mbp position, cM position, tier, and whether on GM and on MM arrays MMnGM_pmap*.csv: Physical map positions (in Mbp) of the SNPs
经预处理的MegaMUGA与GigaMUGA合并单核苷酸多态性（SNP, Single Nucleotide Polymorphism）基因分型数据集，涵盖协作杂交（Collaborative Cross, CC）创始种群的基因分型数据，可用于制备适配R/qtl2工具（http://kbroman.org/qtl2）的多样性远交（Diversity Outbred, DO）小鼠基因分型数据。本数据集等效于https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5404762.v2，但针对小鼠基因组组装版本GRCm39修订了物理图谱与遗传图谱文件。各配套数据文件说明如下：
MMnGM_allelecodes.csv：包含所有单核苷酸多态性所使用的等位基因编码；
MMnGM_foundergeno*.csv：包含8个创始种群各自的共识基因型信息；
MMnGM_gmap*.csv：包含单核苷酸多态性的遗传图谱位置数据；
MMnGM_info.csv：包含标记名称、染色体、兆碱基（Mbp）位置、厘摩（cM）位置、层级，以及该标记是否覆盖于GM与MM芯片的相关信息；
MMnGM_pmap*.csv：包含单核苷酸多态性的物理图谱位置（单位：兆碱基Mbp）数据。
创建时间：
2024-01-31
