Pre-registered blind structural predictions for 11 proteins — DON Research engine v1

Blind structural predictions for 11 proteins (TP53, SOD1, lysozyme, HBB, KRAS, CYCS, ubiquitin, calmodulin, APOE, alpha-synuclein, UQCRB) generated by the DON Research engine on 2026-03-15 from amino acid sequences alone, with no training data and no structural information provided as input. Predictions classify each residue as core / surface / middle based on the engine's recursive collapse dynamics. Verification against published structural biology literature (Cho et al. Science 1994; Tainer et al. Nature 1982; Blake et al. Nature 1965; Perutz et al. Nature 1960; Pai et al. EMBO J 1990; Bushnell et al. JMB 1990; Vijay-Kumar et al. JMB 1987; Babu et al. Nature 1985; Wilson et al. Science 1991; Ulmer et al. JBC 2005; Iwata et al. Science 1998) was performed on 2026-03-16. Overall accuracy: 110 of 114 scored predictions = 96.5%, with full per-position breakdown and miss analysis included in the verification file. Files:- substrate_dynamic_predictions_2026-03-15.txt — primary prediction set (normalized Psi)- full_output_2026-03-15.txt — secondary prediction set (raw spectral values)- verification_2026-03-15.txt — position-by-position scoring against literature with citations- verification_console_2026-03-15.txt — console output of the verification run This deposit externalizes the prediction artifacts produced on 2026-03-15 to provide a third-party-verifiable timestamp via Zenodo's CERN-backed archival infrastructure. Files are byte-identical to their original generation; SHA-256 / MD5 hashes are visible in the file metadata above. Methodology, scope, and limitations are discussed in the analysis notes section of the verification file. Two prediction misses (TP53 C238/C242) and the SOD1 A4 result are explicitly disclosed as 1D-topology limitations or sequence-numbering artifacts rather than dropped from the score.本数据集收录了由DON Research引擎于2026年3月15日仅基于氨基酸序列生成的11种蛋白质的盲结构预测结果，涵盖的蛋白质包括TP53、SOD1、溶菌酶、HBB、KRAS、CYCS、泛素、钙调蛋白、APOE、α-突触核蛋白、UQCRB。本次预测未使用训练数据，亦未输入任何结构信息作为输入。预测结果将每个残基划分为核心、表面与中间三类，分类基于该引擎的递归折叠动力学机制。 本预测结果于2026年3月16日依托已发表的结构生物学文献完成验证，引用文献包括：Cho等人《Science》1994年、Tainer等人《Nature》1982年、Blake等人《Nature》1965年、Perutz等人《Nature》1960年、Pai等人《欧洲分子生物学组织期刊（EMBO J）》1990年、Bushnell等人《分子生物学杂志（JMB）》1990年、Vijay-Kumar等人《分子生物学杂志（JMB）》1987年、Babu等人《Nature》1985年、Wilson等人《Science》1991年、Ulmer等人《生物化学期刊（JBC）》2005年、Iwata等人《Science》1998年。本次验证在114个参与打分的预测位点中，110个分类结果正确，整体准确率达96.5%，验证文件中包含完整的逐位点拆分结果与错误分析内容。 数据集包含以下文件： - substrate_dynamic_predictions_2026-03-15.txt：主预测集（归一化Psi值） - full_output_2026-03-15.txt：次预测集（原始光谱值） - verification_2026-03-15.txt：基于文献的逐位点打分结果（附引用） - verification_console_2026-03-15.txt：验证运行的控制台输出日志 本次存档将2026年3月15日生成的预测产物公开，依托由欧洲核子研究中心（CERN）支持的Zenodo归档基础设施，实现可经第三方验证的时间戳。所有文件与原始生成结果字节级完全一致，文件元数据中包含SHA-256与MD5哈希值。 验证文件的分析注释章节讨论了本次预测的方法学、研究范围与局限性。本次预测存在两处预测失误位点（TP53的C238、C242位点）与SOD1的A4位点结果异常，上述结果被明确标注为一维拓扑结构局限或序列编号伪影（sequence-numbering artifacts），未被从打分结果中剔除。