CPS-Guided Nucleocapsid Haplotype Atlas of MERS-CoV (2013 - 2019): A Genome-Constrained, CPS-Informed Dataset for Anticipatory Surveillance

This dataset comprises 67 high-quality, codon-resolved nucleocapsid (N) gene coding sequences from global MERS-CoV clinical isolates (2013 - 2019), aligned to the RefSeq reference (YP_009047211.1). It includes: A CPS-informed consensus sequence derived from empirical codon usage,27 observed haplotypes at evolutionarily permissive sites,Full metadata (collection date, country, host, passage history),Quality-controlled CDS files ready for synthetic genomics or evolutionary modeling.Generated using the Codon-Permissiveness Score (CPS) framework (Bhatti, Preprints 2025, doi:10.20944/preprints202510.0285.v1), this resource enables anticipatory surveillance, viability screening of emerging lineages, and extension of codon-resolution evolutionary analysis beyond Spike and SARS-CoV-2. All data are open, reproducible, and compatible with forward-looking pathogen genomics pipelines. Study by: Tahir Bhatti本数据集包含2013-2019年全球中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）临床分离株的67条高质量、密码子解析的核衣壳（N）基因编码序列，所有序列均已与参考序列数据库（RefSeq）参考序列YP_009047211.1完成比对。 本数据集包含以下内容：基于经验密码子使用特征、经密码子允许度评分（Codon-Permissiveness Score, CPS）指导生成的共有序列，进化允许位点上观测到的27种单倍型，完整元数据（含采集日期、来源国家、宿主及传代历史），以及可直接用于合成基因组学或进化建模的经质量管控的编码序列（CDS）文件。 本数据集依托密码子允许度评分（CPS）框架构建（Bhatti, Preprints 2025, doi:10.20944/preprints202510.0285.v1），可支持前瞻性病原监测、新兴谱系的活性筛选，以及将密码子解析的进化分析拓展至刺突蛋白（Spike）与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）之外的研究场景。 所有数据均为开放可复现的，且可兼容前瞻性病原体基因组学分析流程。 研究作者：塔希尔·巴蒂（Tahir Bhatti）