Monocyte phenotyping and cytokine profiling of peritoneal fluid from endometriosis patients and myoma controls

This dataset accompanies a study investigating the effects of peritoneal fluid from endometriosis patients on monocyte phenotype and the cytokine milieu in peritoneal fluid. It comprises two complementary datasets: (1) Flow cytometry data (Endo_monocytes.xlsx): Peripheral blood monocytes from healthy donors were incubated in vitro with peritoneal fluid from endometriosis patients (n=18, coded P02-P20), peritoneal fluid from myoma patients (coded M_P01, M_P04), or fetal bovine serum as a negative control. Three monocyte subsets were characterized based on CD14/CD16 expression: classical (CD14+CD16-), intermediate (CD14+CD16+), and non-classical (CD14-CD16+). Surface expression of MerTK, PD-1, PD-L1, and CCR2 was assessed for each subset (percentage positive and mean fluorescence intensity). Data span 15 independent experiments (February-November 2024) with one or two monocyte donors per experiment, enabling paired comparisons. Peritoneal fluid donor ages range from 22 to 52 years. (2) Multiplex cytokine data (BioPlex_22.08_high.numbers and BIoPlex_21.08_low.numbers): Direct measurement of cytokine concentrations in peritoneal fluid using the Bio-Rad 27-Plex Human Cytokine Panel on a QuattroPlex Lab system with 5-parameter logistic regression. The 27 analytes include: Basic FGF, Eotaxin, G-CSF, GM-CSF, IFN-gamma, IL-1beta, IL-1ra, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-12p70, IL-13, IL-15, IL-17, IP-10, MCP-1, MIP-1alpha, MIP-1beta, PDGF-BB, RANTES, TNF-alpha, and VEGF (all in pg/ml). The cohort includes 28 endometriosis patients (coded Endo_P02-P35, including cyst fluid and dilution series for selected patients) and 5 myoma controls (coded Myoma_M01-M03, Myoma_P01, Myoma_P04). Each CSV file contains raw MFI, net MFI, calculated concentrations, and averages from duplicate measurements, along with full standard curves. Two analytical runs with overlapping standard ranges ensure accurate quantification across the full dynamic range. The two datasets are linked: peritoneal fluid from endometriosis and myoma patients was both (a) used to stimulate donor monocytes in vitro (flow cytometry dataset) and (b) directly profiled for cytokine content (multiplex dataset). Patient identifiers are consistent across all files. Patients P01 and P04 appear in the flow cytometry dataset as myoma peritoneal fluid donors for monocyte incubation, and in the cytokine dataset as myoma controls. All identities are anonymized.本数据集配套一项旨在探讨子宫内膜异位症患者腹腔液对单核细胞表型及腹腔液细胞因子微环境影响的研究。本数据集包含两个互补子数据集： (1) 流式细胞术数据（Endo_monocytes.xlsx）：将健康供者外周血单核细胞与子宫内膜异位症患者腹腔液（共18例，编码为P02-P20）、子宫肌瘤患者腹腔液（编码为M_P01、M_P04）或胎牛血清（阴性对照）进行体外共培养。基于CD14/CD16的表达特征，将单核细胞划分为三类经典亚群：经典型（CD14+CD16-）、中间型（CD14+CD16+）及非经典型（CD14-CD16+）。针对每类亚群，检测MerTK、PD-1、PD-L1及CCR2的表面表达水平，包括阳性细胞百分比与平均荧光强度（mean fluorescence intensity, MFI）。本数据涵盖15次独立实验（2024年2月至11月），每次实验使用1或2名单核细胞供者，支持配对比较分析。腹腔液供者的年龄范围为22至52岁。 (2) 多重细胞因子检测数据（BioPlex_22.08_high.numbers与BioPlex_21.08_low.numbers）：采用Bio-Rad公司27重人细胞因子检测试剂盒（27-Plex Human Cytokine Panel），结合QuattroPlex实验室检测系统，通过5参数logistic回归法，直接测定腹腔液中的细胞因子浓度。本次检测覆盖27种分析物，具体包括：碱性成纤维细胞生长因子（Basic FGF）、嗜酸粒细胞趋化蛋白（Eotaxin）、粒细胞集落刺激因子（G-CSF）、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子（GM-CSF）、干扰素-γ（IFN-γ）、白细胞介素-1β（IL-1β）、白细胞介素-1受体拮抗剂（IL-1ra）、白细胞介素-2（IL-2）、白细胞介素-4（IL-4）、白细胞介素-5（IL-5）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-7（IL-7）、白细胞介素-8（IL-8）、白细胞介素-9（IL-9）、白细胞介素-10（IL-10）、白细胞介素-12p70（IL-12p70）、白细胞介素-13（IL-13）、白细胞介素-15（IL-15）、白细胞介素-17（IL-17）、干扰素诱导蛋白10（IP-10）、单核细胞趋化蛋白-1（MCP-1）、巨噬细胞炎症蛋白-1α（MIP-1α）、巨噬细胞炎症蛋白-1β（MIP-1β）、血小板衍生生长因子-BB（PDGF-BB）、正常T细胞表达和分泌的激活调控蛋白（RANTES）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）及血管内皮生长因子（VEGF），所有指标单位均为pg/ml。本研究队列包含28例子宫内膜异位症患者（编码为Endo_P02-P35，涵盖部分患者的囊液与稀释系列样本）及5例子宫肌瘤对照患者（编码为Myoma_M01-M03、Myoma_P01、Myoma_P04）。每份CSV文件均包含原始平均荧光强度、净平均荧光强度、计算得到的浓度值以及重复测量的平均值，同时附带完整的标准曲线。两次独立分析实验的标准曲线范围重叠，可确保在全动态范围内实现准确定量。 两个数据集存在明确关联：子宫内膜异位症与子宫肌瘤患者的腹腔液既被用于体外刺激单核细胞供者（对应流式细胞术数据集），也被直接用于细胞因子含量检测（对应多重细胞因子检测数据集）。所有文件中的患者标识符保持一致。患者P01与P04在流式细胞术数据集中作为子宫肌瘤腹腔液供者用于单核细胞共培养，同时在细胞因子数据集中作为子宫肌瘤对照样本。所有患者身份均已匿名化。