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Data used in ECLIPSER methods paper and GTEx snRNA-seq cross-tissue reference map analysis

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Zenodo2022-08-15 更新2026-05-25 收录
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The tables were used in the papers: Rouhana*, Wang* <em>et al.,</em> ECLIPSER: identifying causal cell types and genes for complex traits through single cell enrichment of e/sQTL-mapped genes in GWAS loci, bioRxiv 2021, doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.24.469720; and Eraslan <em>et al.,</em> Single-nucleus cross-tissue molecular reference maps to decipher disease gene function, bioRxiv 2021, doi: https://doi.org/10.1101/2021.07.19.452954. 'GTEx_v8_HG38_all_variants.tsv.gz' is an input file for running GWASvar2gene on GTEx v8 eQTLs and sQTLs, and all other files are input files for ECLIPSER.

本数据集所用表格见于以下两篇论文:鲁哈纳(Rouhana*)、王(Wang*)等人的《ECLIPSER:通过对全基因组关联研究(Genome-Wide Association Study, GWAS)位点中e/sQTL映射基因开展单细胞富集分析,识别复杂性状的致病细胞类型与基因》,发表于bioRxiv,2021年,DOI:https://doi.org/10.1101/2021.11.24.469720;以及埃拉斯兰(Eraslan)等人的《单细胞核跨组织分子参考图谱用于解析疾病基因功能》,发表于bioRxiv,2021年,DOI:https://doi.org/10.1101/2021.07.19.452954。文件'GTEx_v8_HG38_all_variants.tsv.gz'是针对基因型组织表达第8版(Genotype-Tissue Expression v8, GTEx v8)的表达数量性状位点(expression Quantitative Trait Locus, eQTL)与剪接数量性状位点(splicing Quantitative Trait Locus, sQTL)运行GWASvar2gene工具的输入文件,其余所有文件均为ECLIPSER的输入文件。

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2022-08-15
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