Gene family data from the PhyloGenes (release version 4.1, phylogenes.org)

The data files were generated from the PhyloGenes 4.1 release (see release notes here). About the two zip files: 1. phyloXML.zip (there is no change from the PhyloGenes 4.0 release) PhyloGenes gene family trees in PhyloXML format, one file per family (e.g. &lt;family_ID&gt;.xml). The following information is provided for each node of a tree:<br> 1) leaf node:<br> branch length<br> name &lt;gene_id&gt;<br> taxonomy scientific_name<br> sequence accession &lt;UniProt ID&gt; 2) non-leaf node:<br> branch length<br> events &lt;duplication or speciation&gt; <br> 2. panther_csv.zip Functional information of family members in CSV format, one file per family (e.g. &lt;family_ID&gt;.csv). A CSV file includes the following columns:<br> Uniprot ID<br> Gene &lt;Gene name. If none then Gene ID&gt;<br> Gene ID<br> Gene name<br> Organism<br> Subfamily name The columns displayed after 'Subfamily name', if any, are GO annotations. Each column is a GO molecular function or biological process term that is annotated to at least one member of the gene family AND the annotation is supported by an experimental evidence (indicated by 'EXP') or phylogenetic inference (indicated by 'IBA'). A '0' indicates absence of either annotations.本数据集文件源自PhyloGenes 4.1版本（版本说明见此处）。关于两个压缩包的详细说明如下： 1. phyloXML.zip（与PhyloGenes 4.0版本无任何改动）：存储采用PhyloXML格式的PhyloGenes基因家族树，每个基因家族对应一个独立文件（格式为<family_ID>.xml）。针对每棵树的所有节点，将提供以下信息： 1) 叶节点： 分支长度 节点名称<gene_id> 分类学科学名称 序列登录号<UniProt ID> 2) 非叶节点： 分支长度 演化事件<基因复制或物种形成> 2. panther_csv.zip：存储采用逗号分隔值 (Comma-Separated Values, CSV) 格式的家族成员功能信息，每个基因家族对应一个独立文件（格式为<family_ID>.csv）。该CSV文件包含以下列： UniProt ID 基因<基因名称，若无基因名称则使用基因ID> 基因ID 基因名称 物种 亚家族名称 若“亚家族名称”列后存在额外列，则这些列为基因本体 (Gene Ontology, GO) 注释。每一列对应一个GO分子功能或生物过程术语，该术语至少被该基因家族的一个成员注释，且注释获得实验证据（以"EXP"标注）或系统发育推演（以"IBA"标注）的支持。若单元格值为"0"，则表示该成员无对应注释。