SelectSim Analysis

README Data Version: v2 Code Repository: https://github.com/CSOgroup/SelectSim_analysis/ SelectSim R package Repository: https://github.com/CSOgroup/SelectSim Description There are two folders `analysis_data` and `analysis_results` which correspond to data required for the analysis provide in the Code repository and results generated by them. The above two folders are subdivided into further subfolders. The tree structure of this repository is mentioned below: ```.├── analysis_data│ ├── all_merged_data_genie_v15.rds│ ├── catalogue│ │ ├── dfci_oncokb_gene_run_list.rds│ │ ├── msk_oncokb_gene_run_list.rds│ │ └── Other_Inputs.md│ ├── ground_truth_benchmarking│ │ ├── run_data_gt_modelB_eps0.95_numED30_control.RData│ │ └── run_data_gt_modelB_eps0.95_numED30.RData│ ├── hotspot_analysis│ │ ├── msk_panel_all_primary_hotspot_run_data.rds│ │ └── msk_panel_p_468_primary_hotspot_run_data.rds│ ├── normal_mutation│ │ ├── ESOPHAGUS_maf.rds│ │ ├── lawson2020_maf.rds│ │ ├── li_cancer_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│ │ ├── li_et_al_cancer_run_data_v3.rds│ │ ├── li_et_al_normal_run_data_v3.rds│ │ ├── li_normal_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│ │ ├── run_data_ESOPHAGUS_forSelectSim_cancermut.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_cancer_samples_cancer_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_all_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_cancer_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_normal_donors.RData│ │ ├── run_data_SKIN_forSelectSim_cancermut.RData│ │ ├── SKIN_maf.rds│ │ └── tcga_BLCA.rds│ ├── oncogenic_non_oncogenic│ │ └── pan_can_mixture_gams_tcga_172.rds│ ├── oncokb_random_analysis│ │ ├── pan_can_tcga_run_data_random_genes_v3.rds│ │ ├── pan_can_tcga_run_data_sfe_onco_375.rds│ │ └── random_gene_with_matched_actual_gene_list_375.rds│ ├── primary_met│ │ ├── msk_m_sample_run_data_list.rds│ │ ├── msk_p_m_sample_run_data_list.rds│ │ └── msk_p_sample_run_data_list.rds│ ├── primary_met_elastic_net│ │ ├── drug_data.RData│ │ ├── full_gam.RData│ │ ├── msk_full_clinical_table.txt│ │ └── PM_comutations.RData│ └── roubustness_benchmarking│ ├── gene_used.rds│ ├── luad_maf_coselns_data.rds│ ├── luad_orginal_gam_wesme.tsv│ ├── luad_sampling_list.json│ ├── Other_Inputs.md│ ├── sampling_list_luad_2.rds│ └── sampling_list_luad.rds├── analysis_results│ ├── catalogue│ │ ├── all_merged_results_v15.rds│ │ ├── pan_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│ │ └── tumor_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│ ├── ground_truth_benchmarking│ │ ├── precision_recall.rds│ │ └── results_all_methods_ground_truth_modelB_eps0.95_numED30_SelSim_lam0.3_tau1.RData│ ├── hotspot_analysis│ │ ├── msk_panel_468_primary_hotspot_result_df.rds│ │ └── msk_panel_all_hotspot_result_df.rds│ ├── normal_mutation│ │ ├── li_results_bladder_merged.rds│ │ ├── results_ESOPHAGUS_cancermut.rds│ │ ├── results_Lawson2020_cancer_samples_cancer_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_all_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_cancer_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_normal_donors.rds│ │ ├── results_SKIN_cancermut.rds│ │ └── tcga_results_bladder_merged.rds│ ├── oncogenic_non_oncogenic│ │ └── pan_can_tcga_list_172_results.rds│ ├── oncokb_random_analysis│ │ ├── pan_can_tcga_oncokb_375_varaint_filtering_result_df.rds│ │ └── pan_can_tcga_random_375_result_df.rds│ ├── primary_met│ │ ├── msk_m_sampling_results_list.rds│ │ ├── msk_p_m_sampling_results_list.rds│ │ └── msk_p_sampling_results_list.rds│ ├── primary_met_elastic_net│ │ ├── EN_binomial_1_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_2_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_co_1_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_co_2_drug.RData│ │ └── EN_gaussian_drug.RData│ └── roubustness_benchmarking│ ├── Cooccur│ │ ├── cooccur_luad_all_results.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ └── sampling_run_result_80_9.rds│ ├── Coselens│ │ ├── coselns_luad_all_results.rds│ │ ├── luad_sampling_run_10.rds│ │ ├── luad_sampling_run_1.rds│ │ ├── luad_sampling_run_2.rds│ │ ├── luad_sampling_run_3.rds│ │ ├── luad_sampling_run_4.rds│ │ ├── luad_sampling_run_5.rds│ │ ├── luad_sampling_run_6.rds│ │ ├── luad_sampling_run_7.rds│ │ ├── luad_sampling_run_8.rds│ │ └── luad_sampling_run_9.rds│ ├── Discover│ │ ├── luad_all.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│ │ └── tcga_all.rds│ ├── GAMToc│ │ ├── luad_all.txt│ │ ├── luad_V11_result.txt│ │ ├── luad_V12_result.txt│ │ ├── luad_V13_result.txt│ │ ├── luad_V14_result.txt│ │ ├── luad_V15_result.txt│ │ ├── luad_V1.txt│ │ ├── luad_V2.txt│ │ ├── luad_V3.txt│ │ ├── luad_V4.txt│ │ └── luad_V5.txt│ ├── Select│ │ ├── luad_all_results.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│ │ └── tcga_select_all_results.rds│ ├── SelectSim│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_9.rds│ │ └── tcga_LUAD.rds│ ├── TCGA robustness analysis│ │ └── all_sampling_results.rds│ └── WeSME_CO│ ├── LUAD_11_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_11_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_12_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_12_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_13_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_13_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_14_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_14_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_15_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_15_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_1_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_1_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_2_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_2_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_3_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_3_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_4_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_4_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_5_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_5_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_smut_co_pvs_0.1.txt│ └── LUAD_smut_me_pvs_0.1.txt└── README.md 28 directories, 168 files ``` Contact Details For any queries: Contact Arvind Iyer ([e-mail], [e-mail]), Miljan Petrovic ([e-mail]) Lead Contact: Giovanni Ciriello ([e-mail]) Acknowledgments The authors would like to acknowledge the American Association for Cancer Research and its financial and material support in the development of the AACR Project GENIE registry, as well as members of the consortium for their commitment to data sharing. Interpretations are the responsibility of the study authors.# 数据集说明 数据版本：v2 代码仓库：https://github.com/CSOgroup/SelectSim_analysis/ SelectSim R语言包仓库：https://github.com/CSOgroup/SelectSim ## 数据集描述 本数据集包含`analysis_data`与`analysis_results`两个文件夹，分别对应代码仓库中分析流程所需的输入数据，以及分析流程生成的计算结果。上述两个文件夹均进一步划分为若干子文件夹。 本仓库的目录树结构如下： .├── analysis_data│ ├── all_merged_data_genie_v15.rds│ ├── catalogue│ │ ├── dfci_oncokb_gene_run_list.rds│ │ ├── msk_oncokb_gene_run_list.rds│ │ └── Other_Inputs.md│ ├── ground_truth_benchmarking│ │ ├── run_data_gt_modelB_eps0.95_numED30_control.RData│ │ └── run_data_gt_modelB_eps0.95_numED30.RData│ ├── hotspot_analysis│ │ ├── msk_panel_all_primary_hotspot_run_data.rds│ │ └── msk_panel_p_468_primary_hotspot_run_data.rds│ ├── normal_mutation│ │ ├── ESOPHAGUS_maf.rds│ │ ├── lawson2020_maf.rds│ │ ├── li_cancer_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│ │ ├── li_et_al_cancer_run_data_v3.rds│ │ ├── li_et_al_normal_run_data_v3.rds│ │ ├── li_normal_vep_annotated_maf_file_supplemenatry.rds│ │ ├── run_data_ESOPHAGUS_forSelectSim_cancermut.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_cancer_samples_cancer_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_all_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_cancer_donors.RData│ │ ├── run_data_Lawson2020_normal_samples_normal_donors.RData│ │ ├── run_data_SKIN_forSelectSim_cancermut.RData│ │ ├── SKIN_maf.rds│ │ └── tcga_BLCA.rds│ ├── oncogenic_non_oncogenic│ │ └── pan_can_mixture_gams_tcga_172.rds│ ├── oncokb_random_analysis│ │ ├── pan_can_tcga_run_data_random_genes_v3.rds│ │ ├── pan_can_tcga_run_data_sfe_onco_375.rds│ │ └── random_gene_with_matched_actual_gene_list_375.rds│ ├── primary_met│ │ ├── msk_m_sample_run_data_list.rds│ │ ├── msk_p_m_sample_run_data_list.rds│ │ └── msk_p_sample_run_data_list.rds│ ├── primary_met_elastic_net│ │ ├── drug_data.RData│ │ ├── full_gam.RData│ │ ├── msk_full_clinical_table.txt│ │ └── PM_comutations.RData│ └── roubustness_benchmarking│ ├── gene_used.rds│ ├── luad_maf_coselns_data.rds│ ├── luad_orginal_gam_wesme.tsv│ ├── luad_sampling_list.json│ ├── Other_Inputs.md│ ├── sampling_list_luad_2.rds│ └── sampling_list_luad.rds├── analysis_results│ ├── catalogue│ │ ├── all_merged_results_v15.rds│ │ ├── pan_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│ │ └── tumor_can_consistent_motif_v15_fdr_25_update.rds│ ├── ground_truth_benchmarking│ │ ├── precision_recall.rds│ │ └── results_all_methods_ground_truth_modelB_eps0.95_numED30_SelSim_lam0.3_tau1.RData│ ├── hotspot_analysis│ │ ├── msk_panel_468_primary_hotspot_result_df.rds│ │ └── msk_panel_all_hotspot_result_df.rds│ ├── normal_mutation│ │ ├── li_results_bladder_merged.rds│ │ ├── results_ESOPHAGUS_cancermut.rds│ │ ├── results_Lawson2020_cancer_samples_cancer_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_all_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_cancer_donors.rds│ │ ├── results_Lawson2020_normal_samples_normal_donors.rds│ │ ├── results_SKIN_cancermut.rds│ │ └── tcga_results_bladder_merged.rds│ ├── oncogenic_non_oncogenic│ │ └── pan_can_tcga_list_172_results.rds│ ├── oncokb_random_analysis│ │ ├── pan_can_tcga_oncokb_375_varaint_filtering_result_df.rds│ │ └── pan_can_tcga_random_375_result_df.rds│ ├── primary_met│ │ ├── msk_m_sampling_results_list.rds│ │ ├── msk_p_m_sampling_results_list.rds│ │ └── msk_p_sampling_results_list.rds│ ├── primary_met_elastic_net│ │ ├── EN_binomial_1_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_2_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_co_1_drug.RData│ │ ├── EN_binomial_co_2_drug.RData│ │ └── EN_gaussian_drug.RData│ └── roubustness_benchmarking│ ├── Cooccur│ │ ├── cooccur_luad_all_results.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ ├── Coselens│ │ ├── coselns_luad_all_results.rds│ │ ├── luad_sampling_run_10.rds│ │ ├── luad_sampling_run_1.rds│ │ ├── luad_sampling_run_2.rds│ │ ├── luad_sampling_run_3.rds│ │ ├── luad_sampling_run_4.rds│ │ ├── luad_sampling_run_5.rds│ │ ├── luad_sampling_run_6.rds│ │ ├── luad_sampling_run_7.rds│ │ ├── luad_sampling_run_8.rds│ │ ├── luad_sampling_run_9.rds│ ├── Discover│ │ ├── luad_all.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│ │ └── tcga_all.rds│ ├── GAMToc│ │ ├── luad_all.txt│ │ ├── luad_V11_result.txt│ │ ├── luad_V12_result.txt│ │ ├── luad_V13_result.txt│ │ ├── luad_V14_result.txt│ │ ├── luad_V15_result.txt│ │ ├── luad_V1.txt│ │ ├── luad_V2.txt│ │ ├── luad_V3.txt│ │ ├── luad_V4.txt│ │ └── luad_V5.txt│ ├── Select│ │ ├── luad_all_results.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_result_80_9.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_tcga_result_80_5.rds│ │ └── tcga_select_all_results.rds│ ├── SelectSim│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_10.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_1.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_2.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_3.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_4.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_5.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_6.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_7.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_8.rds│ │ ├── sampling_run_selectX_v4_result_80_9.rds│ │ └── tcga_LUAD.rds│ ├── TCGA robustness analysis│ │ └── all_sampling_results.rds│ └── WeSME_CO│ ├── LUAD_11_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_11_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_12_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_12_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_13_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_13_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_14_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_14_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_15_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_15_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_1_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_1_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_2_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_2_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_3_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_3_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_4_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_4_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_5_smut_co_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_5_smut_me_pvs_0.1.txt│ ├── LUAD_smut_co_pvs_0.1.txt│ └── LUAD_smut_me_pvs_0.1.txt└── README.md 28 directories, 168 files ## 联系方式 如有任何疑问，请联系： Arvind Iyer（邮箱：[e-mail]、[e-mail]）、Miljan Petrovic（邮箱：[e-mail]） 主要联系人：Giovanni Ciriello（邮箱：[e-mail]） ## 致谢 作者感谢美国癌症研究协会（American Association for Cancer Research, AACR）及其为AACR Project GENIE注册库的开发提供的资金与物质支持，同时感谢该联盟成员为数据共享所做出的贡献。本研究的解读由论文作者自行负责。