Molecular Dynamics Simulations of MAAP5 and MAAP8 Membrane Association Underlying AAV Secretion Engineering

This dataset contains the reduced production molecular dynamics trajectories, topology-compatible coordinate files, production run parameters, and force-field files used to investigate the spontaneous membrane association behaviour of MAAP5 and MAAP8, supporting the manuscript: “A chimeric MAAP variant improves AAV5 virus secretion through subcellular re-localisation.” All simulations were performed using GROMACS 2021.2 with the CHARMM36m protein force field and CHARMM36 lipid parameters. To balance reproducibility and data size, trajectories are provided as PBC-corrected, solvent/ion-stripped reduced trajectories saved every 200 ps, suitable for direct use in VMD, PyMOL, MDAnalysis, or GROMACS-based reanalysis. Files included MAAP5 maap5.gro — coordinate file matching reduced trajectory maap5_dt200.xtc — reduced production trajectory (200 ps frame spacing) maap5_prod.tpr — production run binary input GROMACS analysis outputs (.xvg) MAAP8 maap8.gro — coordinate file matching reduced trajectory maap8_dt200.xtc — reduced production trajectory (200 ps frame spacing) maap8_prod.tpr — production run binary input GROMACS analysis outputs (.xvg) Force field charmm36-jul2021.ff.zip Simulation details Software: GROMACS 2021.2 Force field: CHARMM36m / CHARMM36 lipids Water model: CHARMM-modified TIP3P Ensemble: NPT Temperature: 310 K Pressure coupling: semi-isotropic Initial protein placement: ~5 nm from membrane Production length: ~1 μs per system本数据集包含用于探究MAAP5与MAAP8自发膜结合行为的精简生产分子动力学轨迹、拓扑兼容坐标文件、生产运行参数文件以及力场文件，为研究论文《嵌合型MAAP变体通过亚细胞重新定位增强AAV5病毒分泌》提供数据支撑。 所有模拟均使用GROMACS 2021.2软件完成，采用CHARMM36m蛋白质力场与CHARMM36脂质参数。 为兼顾可复现性与数据存储体量，本数据集的轨迹经过周期性边界条件（Periodic Boundary Condition, PBC）校正、去除溶剂与离子的精简处理，以每200 ps保存一帧的格式存储，可直接用于VMD、PyMOL、MDAnalysis或基于GROMACS的重分析工作。 包含文件 MAAP5 maap5.gro — 与精简轨迹匹配的坐标文件 maap5_dt200.xtc — 精简版生产轨迹（帧间隔200 ps） maap5_prod.tpr — 生产运行二进制输入文件 GROMACS分析输出文件（.xvg格式） MAAP8 maap8.gro — 与精简轨迹匹配的坐标文件 maap8_dt200.xtc — 精简版生产轨迹（帧间隔200 ps） maap8_prod.tpr — 生产运行二进制输入文件 GROMACS分析输出文件（.xvg格式） 力场文件 charmm36-jul2021.ff.zip 模拟细节 软件：GROMACS 2021.2 力场：CHARMM36m / CHARMM36脂质力场 水模型：CHARMM修饰型TIP3P 系综：NPT 温度：310 K 压力耦合方式：半各向同性 初始蛋白放置位置：距膜约5 nm 单体系生产模拟时长：约1 μs