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Chol 50% POPC aux force field validation

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Zenodo2025-01-21 更新2026-05-26 收录
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Chol 50% POPC parameterized with Sage2.2.1.aux.offxml Lipids: POPC/CHOLLipid count: 64 POPC (64 per leaflet) / 64 CHOL (64 per leaflet)Solvent: TIP3PSolvent count: 5120Ions: noIon Count: n/aTemperature: 300KLength of equilibration: 100ns (40 NVT - 60 NPT)Length of production: 500ns HMR w/ 4fs timestep 0.9 rvdw/rcouloumb cutoff 0.8 rvdw-switch SMILES strings: POPC: [C@](COP(=O)([O-])OCC[N+](C)(C)C)([H])(OC(CCCCCCC/C=C\CCCCCCCC)=O)COC(CCCCCCCCCCCCCCC)=OCHOL: [C@]12(CC=C3C[C@@H](O)CC[C@]3(C)[C@@]1([H])CC[C@]1(C)[C@@]([H])([C@@](C)([H])CCCC(C)C)CC[C@@]21[H])[H]

采用Sage2.2.1.aux.offxml力场参数化的摩尔占比50%的胆固醇(Cholesterol, Chol)与1-棕榈酰-2-油酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱(1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, POPC)混合脂膜体系。 脂质组分:POPC与胆固醇;脂质分子计数:POPC共64个(每个脂双层单分子层含64个),胆固醇共64个(每个脂双层单分子层含64个)。 溶剂:TIP3P水模型(TIP3P);溶剂分子数:5120个。 离子体系:无添加离子;离子计数:无可用数据。 模拟温度:300开尔文。 平衡模拟时长:100纳秒(其中40纳秒为NVT正则系综模拟,60纳秒为NPT等温等压系综模拟)。 生产模拟时长:500纳秒。 采用氢原子质量重分配(Hydrogen Mass Repartitioning, HMR)技术,时间步长为4飞秒。 范德华与库仑相互作用截断阈值设置为0.9。 范德华相互作用开关距离设置为0.8。 简化分子线性输入规范(Simplified Molecular-Input Line-Entry System, SMILES)字符串: POPC的SMILES表达式为:[C@](COP(=O)([O-])OCC[N+](C)(C)C)([H])(OC(CCCCCCC/C=CCCCCCCCC)=O)COC(CCCCCCCCCCCCCCC)=O 胆固醇(CHOL)的SMILES表达式为:[C@]12(CC=C3C[C@@H](O)CC[C@]3(C)[C@@]1([H])CC[C@]1(C)[C@@]([H])([C@@](C)([H])CCCC(C)C)CC[C@@]21[H])[H]

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2025-01-21
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