The DOTSeq project: precomputed datasets

This archive contains the precomputed datasets used in the DOTSeq manuscript (Lim CS, Chieng GSW., 2026, BioRxiv, https://doi.org/10.1101/2025.09.24.678201). These datasets can be optionally used as inputs for the scripts in the DOTSeq_paper_2026 GitHub repository to reproduce the results quickly by skipping computationally intensive steps. Detailed instructions and scripts for reproducing the analyses and figures are available in the repository, which utilise DOTSeq within the Bioconductor ecosystem. Contents: Bulk Ribo-seq analysis 12 alignment files generated using STAR (*_Aligned.sortedByCoord.out.bam). 12 filtered alignment files (exonic reads) generated using DOTSeq::getExonicReads (*_Aligned.sortedByCoord.out.exonic.sorted.bam). 1 ORF read count file generated using DOTSeq::countReads (bulk.rds). Single-cell Ribo-seq analysis 27 alignment files generated using STAR (*_Aligned.sortedByCoord.out_CB.bam). 27 ORF read count files generated using DOTSeq::countReadsSingleCell (*_Aligned.sortedByCoord.out_CB.mat.rds). Metadata required for the analyses are available in the GitHub repository under the ref/ directory. Raw sequencing reads for the bulk analysis can be obtained using the sra_download.sh script.本归档文件包含DOTSeq论文（Lim CS, Chieng GSW., 2026, BioRxiv, https://doi.org/10.1101/2025.09.24.678201）中使用的预计算数据集。此类数据集可作为DOTSeq_paper_2026 GitHub仓库中脚本的可选输入，用于跳过计算密集型步骤以快速复现研究结果。该仓库提供了复现所有分析与图表的详细说明及配套脚本，其在Bioconductor生态系统中集成了DOTSeq工具包。 数据集内容： 一、批量核糖体测序（Bulk Ribo-seq）分析 1. 12份经STAR比对工具生成的排序比对文件（文件格式为*_Aligned.sortedByCoord.out.bam）。 2. 12份经DOTSeq::getExonicReads函数处理得到的过滤后比对文件（仅保留外显子区读数），文件名为*_Aligned.sortedByCoord.out.exonic.sorted.bam。 3. 1份通过DOTSeq::countReads函数生成的开放阅读框（ORF）读数计数文件（bulk.rds）。 二、单细胞核糖体测序（Single-cell Ribo-seq）分析 1. 27份经STAR比对工具生成的排序比对文件（文件格式为*_Aligned.sortedByCoord.out_CB.bam）。 2. 27份通过DOTSeq::countReadsSingleCell函数生成的开放阅读框读数计数文件（文件格式为*_Aligned.sortedByCoord.out_CB.mat.rds）。 本分析所需的元数据可在该GitHub仓库的ref/目录下获取。批量分析的原始测序读数可通过sra_download.sh脚本下载。