Table 1 in Endophytic Colletotrichum (Sordariomycetes, Glomerellaceae) species associated with Citrus grandis cv. " Tomentosa " in China

Table 1. Gene regions, respective primer pairs and PCR protocols used in the study. GenePrimer pairOptimised PCR protocolsReferencesITSITS194 °C: 5 min (94 °C: 30 s, 53 °C: 30 s, 72 °C: 1 min) × 32 cycles, 72 °C: 10 minWhite et al. (1990)ITS4gapdhGDF94 °C: 5 min (94 °C: 30 s, 60 °C: 30 s, 72 °C: 1 min) × 32 cycles, 72 °C: 10 minGuerber et al. (2003)GDRchs-1CHS-79F94 °C: 5 min (94 °C: 30 s, 49 °C: 30 s, 72 °C: 1 min) × 32 cycles, 72 °C: 10 minCarbone and Kohn (1999)CHS-345Rhis3CYLH3F94 °C: 5 min (94 °C: 30 s, 53 °C: 30 s, 72 °C: 1 min) × 32 cycles, 72 °C: 10 minCrous et al. (2004)CYLH3RactACT-512F94 °C: 5 min (94 °C: 30 s, 54 °C: 30 s, 72 °C: 1 min) × 32 cycles, 72 °C: 10 minCarbone and Kohn (1999)ACT-783Rβ-tubulinBt2a94 °C: 5 min (94 °C: 30 s, 58 °C: 30 s, 72 °C: 1 min) × 32 cycles, 72 °C: 10 minGlass and Donaldson (1995)Bt2bgsGSF194 °C: 5 min (94 °C: 30 s, 60 °C: 60 s, 72 °C: 1 min) × 35 cycles, 72 °C: 30 minGuerber et al. (2003)GSR1表1 本研究中使用的基因区域、相应引物对及优化后的聚合酶链式反应（PCR，Polymerase Chain Reaction）方案。 | 基因区域 | 引物对 | 优化后的PCR方案 | 参考文献 | | --- | --- | --- | --- | | 内转录间隔区（ITS，Internal Transcribed Spacer） | ITS1/ITS4 | 94℃预变性5 min；随后94℃变性30 s、53℃退火30 s、72℃延伸1 min，循环32次；最后72℃终延伸10 min | White等（1990） | | 甘油醛-3-磷酸脱氢酶（gapdh，Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase） | GDF/GDR | 94℃预变性5 min；随后94℃变性30 s、60℃退火30 s、72℃延伸1 min，循环32次；最后72℃终延伸10 min | Guerber等（2003） | | 查尔酮合酶（chs，Chalcone Synthase） | CHS-79F/CHS-345R | 94℃预变性5 min；随后94℃变性30 s、49℃退火30 s、72℃延伸1 min，循环32次；最后72℃终延伸10 min | Carbone和Kohn（1999） | | 组蛋白H3（his3，Histone H3） | CYLH3F/CYLH3R | 94℃预变性5 min；随后94℃变性30 s、53℃退火30 s、72℃延伸1 min，循环32次；最后72℃终延伸10 min | Crous等（2004） | | 肌动蛋白（act，Actin） | ACT-512F/ACT-783R | 94℃预变性5 min；随后94℃变性30 s、54℃退火30 s、72℃延伸1 min，循环32次；最后72℃终延伸10 min | Carbone和Kohn（1999） | | β微管蛋白（β-tubulin） | Bt2a/Bt2b | 94℃预变性5 min；随后94℃变性30 s、58℃退火30 s、72℃延伸1 min，循环32次；最后72℃终延伸10 min | Glass和Donaldson（1995） | | 谷氨酰胺合成酶（GS，Glutamine Synthetase） | GSF1/GSR1 | 94℃预变性5 min；随后94℃变性30 s、60℃退火60 s、72℃延伸1 min，循环35次；最后72℃终延伸30 min | Guerber等（2003） |