Popc With Varying Amounts Of Cholesterol, 130 Mm Of Nacl. Slipids With Ecc-Scaled Ions
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Simulations of a POPC bilayer with varying amounts (0, 10, 20, and 30 mol-%) of cholesterol and 130 mM of NaCl performed at 310 K. The POPC bilayer consists of 200 lipids (100 per leaflet) and on top of that there is 0 (0%), 22 (10%), 50 (20%), or 86 (30%) of cholesterol. The Slipids model [1–3] is employed for lipids, tip3p model for water, and the and the recent ion parameters by Kohagen et al. [4] for NaCl. The Slipids force field parameters are available at http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/ and the ion parameters are available at https://bitbucket.org/hseara/ions/<br> ––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––<br> The files are in GROMACS format and named based on the amount of cholesterol present (in %) in the corresponding simulation. Trajectories (.xtc) are 200 ns long with data saved every 100 ps. Additionally, the final structure (.gro), topology (.top), index file (.ndx), energy output file (.edr), and binary run input files (for Gromacs 4.6->) (.tpr) are provided for each system. The common simulation parameter file (.mdp) is also provided.<br> ––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––<br> [1] Derivation and Systematic Validation of a Refined All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids. Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev, The Journal of Physical Chemistry B 2012 116 (10), 3164-3179, DOI: 10.1021/jp212503e [2] An Extension and Further Validation of an All-Atomistic Force Field for Biological Membranes. Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev, Journal of Chemical Theory and Computation 2012 8 (8), 2938-2948, DOI: 10.1021/ct300342n [3] Another Piece of the Membrane Puzzle: Extending Slipids Further. Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev, Journal of Chemical Theory and Computation 2013 9 (1), 774-784, DOI: 10.1021/ct300777p [4] Accounting for Electronic Polarization Effects in Aqueous Sodium Chloride via Molecular Dynamics Aided by Neutron Scattering. Miriam Kohagen, Philip E. Mason, and Pavel Jungwirth, The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (8), 1454–1460, DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b05221
本数据集包含在310开尔文温度、130毫摩尔每升氯化钠（NaCl）环境下，胆固醇摩尔百分比分别为0、10、20和30的棕榈酰油酰磷脂酰胆碱（POPC）双分子层分子动力学模拟体系。该POPC双分子层由200个脂质分子组成（每个单分子层含100个），体系中胆固醇分子数分别为0（对应0%）、22（对应10%）、50（对应20%）和86（对应30%）。脂质分子采用Slipids力场模型[1–3]，溶剂水采用TIP3P模型，氯化钠（NaCl）的离子参数则采用Kohagen等人[4]近年提出的参数。Slipids力场参数可从http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/ 获取，离子参数可从https://bitbucket.org/hseara/ions/ 获取。 –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– 所有文件均采用GROMACS格式，文件名根据对应模拟体系中的胆固醇百分比命名。轨迹文件（.xtc）时长为200纳秒（ns），数据采样间隔为100皮秒（ps）。每个模拟体系均提供最终结构文件（.gro）、拓扑文件（.top）、索引文件（.ndx）、能量输出文件（.edr）以及适用于GROMACS 4.6及以上版本的二进制运行输入文件（.tpr）。同时还提供通用模拟参数文件（.mdp）。 –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– [1] 《磷脂酰胆碱脂质的精细化全原子力场的推导与系统验证》，Joakim P. M. Jämbeck与Alexander P. Lyubartsev，《物理化学杂志B辑》，2012年，第116卷第10期，3164-3179页，DOI: 10.1021/jp212503e [2] 《生物膜全原子力场的扩展与进一步验证》，Joakim P. M. Jämbeck与Alexander P. Lyubartsev，《化学理论与计算杂志》，2012年，第8卷第8期，2938-2948页，DOI: 10.1021/ct300342n [3] 《膜谜题的又一块拼图：进一步扩展Slipids力场》，Joakim P. M. Jämbeck与Alexander P. Lyubartsev，《化学理论与计算杂志》，2013年，第9卷第1期，774-784页，DOI: 10.1021/ct300777p [4] 《借助中子散射辅助分子动力学研究水溶液氯化钠的电子极化效应》，Miriam Kohagen、Philip E. Mason与Pavel Jungwirth，《物理化学杂志B辑》，2016年，第120卷第8期，1454–1460页，DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b05221
