Supplementary information for phylogenetic benchmarking study

This dataset comprises the following files: - A tarball containing all alignments per run, used to infer phylogenies from (gzipped) - A tarball containing all assemblies (where applicable) per run (gzipped) - Several files with final results of the analyses. These can be read directly into SuperPlotsOfData to obtain the plots in our paper. RF = Robinson Foulds distance, KC = Kendall Colijn metric. L_0, L_0.5 and L_1 indicate lambda values of 0, 0.5 and 1 respectively in the calculation of the Kendall Colijn metric. full_data.csv contains all data. full_data_nomlst.csv contains all data, excluding the runs employing MLST alignment. run_differences_absolute.csv contains absolute differences between identical runs.本数据集包含以下文件： - 一个经gzip压缩的tar压缩包（tarball），内含各次运行的全部比对序列，可用于从经gzip压缩的数据中推断系统发育树； - 一个经gzip压缩的tar压缩包（tarball），内含各次运行的所有基因组组装结果（如适用）； 另有若干份分析最终结果文件，可直接导入SuperPlotsOfData（SuperPlotsOfData）以复现论文中的绘图。其中，RF即鲁宾逊-福尔兹（Robinson Foulds）距离，KC即肯德尔-科林（Kendall Colijn）度量；L₀、L₀.₅和L₁分别代表在肯德尔-科林度量的计算中使用的λ值为0、0.5与1。 各数据文件详情如下： - full_data.csv：包含全部数据集； - full_data_nomlst.csv：包含除采用MLST（Multilocus Sequence Typing）比对的测序运行之外的所有数据； - run_differences_absolute.csv：包含各组重复运行之间的绝对差值。