APPENDIX 4 in Phylogenetic analysis of the red algal tribe Ceramieae reveals multiple morphological homoplasies but defines new genera

APPENDIX 4. — Selected evolutionary models for the different partitioned data sets, best scores and tree length.Modelfinder (IQtree) using the BIC criterion.Bayesian inference under mixed models and unlinked rates. Modelfinder (IQtree)IQ-TREE Web ServerIQ-TREE TerminalAlignmentsPartionedMerging partitionsMerging partitionsBayesian Inference (MrBayes 3.2)rbc L dataset 1139bp GY +F + R7codon 1TIMe+ R4part1 +part2 SYM+ R3–Unlinked parameters across partitions. Mixed models for each partition. Ratemultiplier =Dirichlet (1.00, 1.00, 1.00); topologies equally probable a priori, and branch lengths= Unconstrained:Gamma Dir (1.0, 0.1000, 1.0, 1.0). Were similar for the codon positions.codon 2TNe +R3part1 +part3 GTR +F +R5–codon 3TIM2+ F+ R4part2 +part3 TIM + F +R5–––part1 +part2 +part3 GTR +F +R5TIM + F +R41 =HKY; 2= HKY; 3 =GTROptimal log-likelihood-25 310.603-26 438.943-26 462.317-27 944.90 (run1) -27 968.84 (run2)Total tree length8.28735.2495.307–Log-likelihood of consensus tree-2783.275-26 439.887-26 462.549–COI-5P 624bp GY + F +G4codon 1SYM +I+ G4GTR+F+ I+G4–HKYcodon 2TIM +F +I +G4K3Pu +F + R3–HKYcodon 3TN+ F +I+ G4TIM +F +G4–GTROptimal log-likelihood-12202.671-12305.548–-13 268.67 (run1) -13 276.06 (run2)Total tree length30.88318.510––Log-likelihood of consensus tree-12 092.794-12 307.528––附录4. — 不同分区数据集的优选进化模型、最优评分与树长。 使用贝叶斯信息准则（Bayesian Information Criterion, BIC）的模型查找器（Modelfinder, IQ-TREE），采用混合模型且速率解耦的贝叶斯推断框架。 涉及工具包括：Modelfinder（IQ-TREE）、IQ-TREE 网页服务器、IQ-TREE 终端、序列联配（Alignments）、分区处理（Partitioned）、分区合并（Merging partitions）、贝叶斯推断工具（MrBayes 3.2）。 ### rbc L 数据集 该数据集长度为1139 bp，基础模型参数设置为GY +F + R7： 1. 密码子第1位点采用TIMe+ R4模型，分区1与分区2组合采用SYM+ R3模型； 2. 跨分区参数解耦，为每个分区单独构建混合模型。速率乘数（Rate multiplier）服从狄利克雷分布（Dirichlet(1.00, 1.00, 1.00)）；先验拓扑结构概率均等，分支长度无约束，服从Gamma Dirichlet(1.0, 0.1000, 1.0, 1.0)分布，该设置在各密码子位点中保持一致； 3. 密码子第2位点采用TNe+ R3模型，分区1与分区3组合采用GTR +F +R5模型； 4. 密码子第3位点采用TIM2+ F+ R4模型，分区2与分区3组合采用TIM + F +R5模型； 5. 分区1+分区2+分区3组合采用GTR +F +R5模型；TIM + F +R4模型对应位点1为HKY模型、位点2为HKY模型、位点3为GTR模型。 最优对数似然值：-25310.603、-26438.943、-26462.317；-27944.90（运行1）、-27968.84（运行2）。总树长：8.287、35.249、5.307。一致性树对数似然值：-2783.275、-26439.887、-26462.549。 ### COI-5P 数据集 该数据集长度为624 bp，基础模型参数设置为GY + F +G4： 1. 密码子第1位点采用SYM +I+ G4模型，GTR+F+ I+G4模型对应HKY参数设置； 2. 密码子第2位点采用TIM +F +I +G4模型，K3Pu +F + R3模型对应HKY参数设置； 3. 密码子第3位点采用TN+ F +I+ G4模型，TIM +F +G4模型对应GTR参数设置。 最优对数似然值：-12202.671、-12305.548；-13268.67（运行1）、-13276.06（运行2）。总树长：30.883、18.510。一致性树对数似然值：-12092.794、-12307.528。