SARS-CoV-2 Sequenzdaten aus Deutschland

Für die Planung von Maßnahmen zur Eindämmung von COVID-19 kommt der genauen Kenntnis der Eigenschaften von SARS-CoV-2 eine zentrale Bedeutung zu. Eine besondere Rolle spielen in diesem Zusammenhang Mutationen des Virus. Für eine erfolgreiche Eindämmung der Pandemie ist es daher entscheidend, einen detaillierten Überblick über die Ausbreitungsmuster spezifischer SARS-CoV-2-Mutationen zu erhalten und auch neue Mutation frühzeitig zu entdecken.<br>Hierfür stellt das Robert Koch-Institut die Systeme zur bundesweiten molekularen Surveillance bereit. Jedes Labor in Deutschland, das SARS-CoV-2 sequenziert, ist laut der Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 verpflichtet, dem Robert Koch-Institut die Sequenz- und zugehörige Metadaten zu übermitteln. Technisch erfolgt diese Übermittlung über den Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH).<br>Im Projekt "OSEDA - Offene Sequenzdaten" verpflichtet sich das RKI, die aufgearbeiteten und qualitätskontrollierten Sequenzdaten zusammen mit einer Auswahl von klinisch-epidemiologischen Daten über die öffentlich zugängliche Repositorien des European Nucleotide Archive) und GISAID für weitere Forschungsvorhaben bereitzustellen.在制定新冠疫情防控措施时，精准掌握新冠病毒（SARS-CoV-2）的各项特性具有核心意义。在此背景下，病毒的突变发挥着尤为关键的作用。因此，为成功遏制新冠大流行，关键在于全面掌握特定新冠病毒（SARS-CoV-2）突变株的传播模式，并能够及早发现新型病毒突变。<br>为此，罗伯特·科赫研究所（Robert Koch-Institut, RKI）搭建了覆盖全德国的分子监测系统。按照《新冠病毒（SARS-CoV-2）分子遗传学监测条例》的规定，德国境内所有完成新冠病毒基因组测序的实验室，均须向罗伯特·科赫研究所提交测序数据及相关元数据（metadata）。从技术层面而言，数据提交通过德国电子测序数据中心（Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub, DESH）完成。<br>在“OSEDA - 开放测序数据”项目中，罗伯特·科赫研究所承诺，将经过整理与质量管控的测序数据，搭配筛选后的临床流行病学数据，通过欧洲核苷酸档案馆（European Nucleotide Archive, ENA）与全球流感数据共享倡议（Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID）的公开存储库，开放给其他科研项目使用。