代谢网络模型数据集

本次数据集主要面向系统生物学研究、代谢工程需求建设，基于NCBI GenBank、KEGG、MetaCyc等权威数据库的基因组和代谢反应数据产生，并结合实验室实测或文献报道的生长曲线、代谢物浓度等实验数据进行验证。数据集主要记录了六种微生物（包括大肠杆菌、酵母、枯草杆菌、黑曲霉、假单胞杆菌和链霉菌）的代谢网络模型，涵盖代谢物、反应、酶和基因的关联信息，以及模型的预测能力和验证结果。数据以SBML格式存储，符合国际标准，确保数据的可交换性和可重复性。数据总量为18M，包括基因组注释文件、代谢反应数据、实验验证数据和模型文件。本数据集的构建采用COBRA Toolbox等工具，通过通量平衡分析（FBA）和动态通量平衡分析（dFBA）等方法优化和验证模型，误差控制在5%以内，确保数据的高质量和可靠性。数据集具有重要的科学意义和应用价值，可支持基础研究（如代谢途径和基因功能研究）、工业应用（如代谢工程和合成生物学）、医学研究（如病原菌代谢机制研究）及教育领域（如代谢网络建模教学），为科学数据的开放共享和协同创新提供了坚实基础。