Input data for use cases of TransportTools

Use case I: Disclosing rare transient tunnels and their usage by water molecules in 15 simulations of DhaA dehalogenase tunnel data water traces data configuration file for TransportTools Use case II: Understanding the effect of mutations by contrasting simulations of three different variants of LinB dehalogenase tunnel data water traces data molecular dynamics simulations with relevant water molecules only configuration file for TransportTools Use Case III: Inferring selectivity of transport pathways in LinB86 dehalogenase for a substrate molecule from almost 600 simulations tunnel data substrate traces data configuration file for TransportTools用例一：针对DhaA脱卤酶（DhaA dehalogenase）开展的15次模拟实验中，揭示其罕见瞬态隧道及水分子对这类隧道的利用模式，所用数据涵盖隧道数据、水分子示踪数据，以及适配TransportTools的配置文件。用例二：通过对比三种不同变体的LinB脱卤酶（LinB dehalogenase）的模拟结果，解析突变的作用效应；所用数据包含隧道数据、仅保留相关水分子的分子动力学模拟水分子示踪数据，以及适配TransportTools的配置文件。用例三：基于近600次模拟结果，推断LinB86脱卤酶（LinB86 dehalogenase）对底物分子的转运通路选择性；所用数据涵盖隧道数据、底物示踪数据，以及适配TransportTools的配置文件。