Large-scale annotation dataset for cell/tissue segmentation in H&E-stained images : anti-MNDA (myeloid cells)

<strong>LICENSE</strong> This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (<strong>CC-BY-NC-SA 4.0</strong>) For non-commercial use, please use the dataset under CC-BY-NC-SA.<br> If you would like to use the dataset for commercial purposes, please contact us ([e-mail]). A Tar.gz file contains the following files: - HE image file: {antigen}_{celltype}_{slideID}_{posx}_{posy}_HE.png - Mask image file: {antigen}_{celltype}_{slideID}_{posx}_{posy}_mask.png Each image file is 984x984 px. posX and posY are the leftmost position in WSI coordinate. Mask files store binary segmentation mask (background : 0, target : 1) A csv file contains the following information: antigen : Antibodies for this antigen were used to create the segmentation mask. filename: filename of image or mask file. train_val_test : train, validation, or test sample in the paper. <strong>Citation</strong> If you use this dataset for your research, please cite our paper. Daisuke Komura, Takumi Onoyama, Koki Shinbo, Hiroto Odaka, Minako Hayakawa, Mieko Ochi, Ranny Rahaningrum Herdiantoputri, Haruya Endo, Hiroto Katoh, Tohru Ikeda, Tetsuo Ushiku, Shumpei Ishikawa,<br> Restaining-based annotation for cancer histology segmentation to overcome annotation-related limitations among pathologists, Patterns, Volume 4, Issue 2, 2023, 100688, https://doi.org/10.1016/j.patter.2023.100688.<strong>许可证</strong> 本作品采用知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享4.0国际许可协议（Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International，简称CC-BY-NC-SA 4.0）进行许可。非商业性使用本数据集时，请遵循CC-BY-NC-SA协议；若需将数据集用于商业用途，请联系我们（邮箱：[e-mail]）。 一个Tar.gz压缩包包含以下文件： - 苏木精-伊红（Hematoxylin-Eosin, HE）图像文件：命名格式为{antigen}_{celltype}_{slideID}_{posx}_{posy}_HE.png - 掩码图像文件：命名格式为{antigen}_{celltype}_{slideID}_{posx}_{posy}_mask.png 所有图像分辨率均为984×984像素。posX与posY为全玻片图像（Whole Slide Image, WSI）坐标系中的最左侧位置。掩码文件为二进制分割掩码，背景像素值为0，目标区域像素值为1。 一个CSV文件包含以下信息： antigen：用于生成该分割掩码的靶向抗原抗体； filename：对应图像或掩码文件的文件名； train_val_test：对应本论文中的训练集、验证集或测试集样本。 <strong>引用</strong> 若您将本数据集用于研究工作，请引用如下论文： 驹村大辅（Daisuke Komura）、小野田拓己（Takumi Onoyama）、新保航辉（Koki Shinbo）、小田浩人（Hiroto Odaka）、早川美奈子（Minako Hayakawa）、越智美惠子（Mieko Ochi）、兰妮·拉哈尼·赫迪安托普特里（Ranny Rahaningrum Herdiantoputri）、远藤晴也（Haruya Endo）、加藤浩人（Hiroto Katoh）、池田彻（Tohru Ikeda）、宇敷哲男（Tetsuo Ushiku）、石川俊平（Shumpei Ishikawa）， 《基于复染的注释方法用于癌症组织学分割以克服病理学家间的注释局限》，发表于期刊*Patterns*，第4卷第2期，2023年，文章编号：100688，DOI：10.1016/j.patter.2023.100688。