rCRUX Generated ITS2 Plants Reference Database

rCRUX generated reference database using NCBI nt blast database downloaded in December 2022. Primer Name: ITS2 Plants<br> Gene: ITS2<br> Length of Target: 450-550<br> get_seeds_local() minimum length: 315<br> get_seeds_local() maximum length: 600<br> blast_seeds() minimum length: 270<br> blast_seeds() maximum length: 560<br> max_to_blast: 100<br> Forward Sequence (5'-3'): ATGCGATACTTGGTGTGAAT<br> Reverse Sequence (5'-3'): GACGCTTCTCCAGACTACAAT<br> Reference: Gu, W., Song, J., Cao, Y., Sun, Q., Yao, H., Wu, Q., ... &amp; Duan, J. (2013). Application of the ITS2 region for barcoding medicinal plants of Selaginellaceae in Pteridophyta. PloS one, 8(6), e67818. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0067818 We chose default rCRUX parameters for <em>get_blast_seeds</em>() of percent coverage of 70, percent identity of 70, evalue 3e+7, and max number of blast alignments = '100000000' and for <em>blast_seeds</em>() of coverage of 70, percent identity of 70, evalue 3e+7, rank of genus, and max number of blast alignments = '10000000'.本数据集由rCRUX生成，所用参考数据库为2022年12月下载的NCBI nt BLAST（Basic Local Alignment Search Tool，基本局部比对搜索工具）数据库。 引物名称：植物ITS2（ITS2 Plants） 靶基因：ITS2 靶标片段长度范围：450~550 bp get_seeds_local() 函数最小序列长度：315 get_seeds_local() 函数最大序列长度：600 blast_seeds() 函数最小序列长度：270 blast_seeds() 函数最大序列长度：560 max_to_blast 参数：100 正向引物序列（5'→3'）：ATGCGATACTTGGTGTGAAT 反向引物序列（5'→3'）：GACGCTTCTCCAGACTACAAT 参考文献：Gu W、Song J、Cao Y、Sun Q、Yao H、Wu Q 等，与Duan J 共同发表于2013年的研究《应用ITS2区域作为蕨类卷柏科药用植物的DNA条形码》，刊载于*PLOS ONE*，8(6): e67818，DOI: 10.1371/journal.pone.0067818。 本研究为<em>get_blast_seeds</em>()函数选用rCRUX默认参数：序列覆盖度70%、序列一致性70%、E值3e+7，最大BLAST比对数设为100000000；为<em>blast_seeds</em>()函数设置参数如下：序列覆盖度70%、序列一致性70%、E值3e+7、属水平排序，最大BLAST比对数设为10000000。