BaTiO3 coarse-grained molecular dynamics simulations

This repository contains the simulation results for BaTiO3 using coarse-grained molecular dynamics package Feram.

The files (1: data.avg, 2: *.csv) use the space-separated format or comma-separated format.

(1) data.avg columns:T: temperature in KelvinEx Ey Ez: external_E_field along x,y,z in V/Angstrom.exx eyy ezz eyz ezx exy: strain tensorux uy uz: dipole displacements in Angstromuxux uyuy uzuz uyuz uzux uxuy: cross-terms of dipole displacements in Angstrom^2dk: dipo_kinetic in eV/u.c.lr: long_range in eV/u.c.dEf: dipole_E_field in V/Angstromunhar: unharmonic in eV/u.c.s_ho: homo_strain in eV/u.c.c_ho: homo_coupling in eV/u.c.s_inho: inho_strain in eV/u.c.c_inho: inho_coupling in eV/u.c.etot: total energy in eV/u.c.HNP: H_Nose_Poincare in eV/u.c.e2: e2dkt: dipo_kinetic_true in eV/u.c.ak: acuou_kinetic in eV/u.c.sr: short_range in eV/u.c.mod: inho_modulation in eV/u.c.px py pz: px py pzppx ppy ppz ppyz ppzx ppxy: ppx ppy ppz ppyz ppzx ppxymx my mz: <ux>, <uy>, <uz> in Angstromamx amy amz: <|ux|>, <|uy|>, <|uz|> in Angstrom

(2) *.csv contains header in each file.

(3) avg2csv.ipynb contains script to convert files.

本仓库包含使用粗粒度分子动力学（coarse-grained molecular dynamics）软件包Feram针对钛酸钡（BaTiO3）开展模拟所得到的全部结果。
本次仓库所提供的文件分为两类：1. data.avg；2. 通配符*.csv，二者分别采用空格分隔格式与逗号分隔格式存储数据。
(1) data.avg文件各列的含义如下：
T：温度，单位为开尔文（Kelvin）；
Ex、Ey、Ez：沿x、y、z轴的外电场（external_E_field），单位为伏特每埃（V/Angstrom）；
exx、eyy、ezz、eyz、ezx、exy：应变张量（strain tensor）；
ux、uy、uz：偶极子位移（dipole displacements），单位为埃（Angstrom）；
uxux、uyuy、uzuz、uyuz、uzux、uxuy：偶极子位移的交叉项，单位为埃平方（Angstrom²）；
dk：偶极动能（dipo_kinetic），单位为电子伏特每单位晶胞（eV/u.c.）；
lr：长程相互作用能（long_range），单位为eV/u.c.；
dEf：偶极子电场（dipole_E_field），单位为V/Angstrom；
unhar：非谐项能量（unharmonic），单位为eV/u.c.；
s_ho：均匀应变能（homo_strain），单位为eV/u.c.；
c_ho：均匀耦合能（homo_coupling），单位为eV/u.c.；
s_inho：非谐应变能（inho_strain），单位为eV/u.c.；
c_inho：非谐耦合能（inho_coupling），单位为eV/u.c.；
etot：总能量（total energy），单位为eV/u.c.；
HNP：诺依曼-庞加莱哈密顿量（H_Nose_Poincare），单位为eV/u.c.；
e2：e2dkt，即真实偶极动能（dipo_kinetic_true），单位为eV/u.c.；
ak：声学耦合动能（acuou_kinetic），单位为eV/u.c.；
sr：短程相互作用能（short_range），单位为eV/u.c.；
mod：非谐调制能（inho_modulation），单位为eV/u.c.；
px、py、pz：px、py、pz；
ppx、ppy、ppz、ppyz、ppzx、ppxy：ppx、ppy、ppz、ppyz、ppzx、ppxy；
mx、my、mz：<ux>、<uy>、<uz>，单位为埃（Angstrom），即偶极子位移的平均值；
amx、amy、amz：<|ux|>、<|uy|>、<|uz|>，单位为埃（Angstrom），即偶极子位移绝对值的平均值。
(2) 所有*.csv格式的文件均自带表头信息。
(3) avg2csv.ipynb为用于实现上述两类文件格式转换的脚本文件。