SNP genotype data for Spanish native chicken breeds — high-density array (Axiom Chicken Genotyping Array)

This dataset contains high-density SNP genotype data for 154 individuals belonging to 7 Spanish native chicken breeds: Andaluza Azul and its varieties (ANAZ: Andaluza Azul, Andaluza Azul Británica, Andaluza Azul Ceniza; n=24), Canaria (CAN, n=24), Combatiente Español (COM, n=18), Mallorquina (MAL, n=24), Utrerana Franciscana (UTRF, n=24), Catalana/Prat (CAT, n=20) and Red Villafranquina (RVF, n=20). Samples were genotyped with the Axiom® Chicken Genotyping Array (Affymetrix, 600K). After quality control, 504,121 SNPs across autosomes 1–28 of the Gallus gallus genome (assembly GRCg6a) were retained. Files are provided in PLINK format (.ped, .map). These data were used to assess genomic diversity, population structure, runs of homozygosity (ROH), and effective population size (Ne). Associated manuscript: Saleh et al. (2026) "Genomic diversity, population structure and runs of homozygosity in Spanish native chicken breeds assessed with high-density SNP data", Poultry Science (under revision, PSJ-D-26-00528R1).

本数据集包含隶属于7个西班牙本土鸡品种的154个个体的高密度单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）基因型数据：安达卢西亚蓝鸡（Andaluza Azul）及其品系（ANAZ：安达卢西亚蓝鸡、安达卢西亚蓝英国品系、安达卢西亚蓝灰品系；n=24）、加那利鸡（CAN，n=24）、西班牙格斗鸡（Combatiente Español，COM，n=18）、马略卡鸡（Mallorquina，MAL，n=24）、乌特雷拉弗朗西斯卡鸡（Utrerana Franciscana，UTRF，n=24）、加泰罗尼亚/普拉特鸡（Catalana/Prat，CAT，n=20）以及红维拉弗兰基纳鸡（Red Villafranquina，RVF，n=20）。所有样本均通过Axiom®鸡基因分型芯片（Affymetrix，600K）完成基因分型。经质量控制流程后，最终保留了鸡（Gallus gallus）基因组组装版本GRCg6a的1至28号常染色体上的504,121个SNP位点。数据集以PLINK格式（.ped、.map）提供。本数据被用于评估基因组多样性、种群结构、连续纯合子片段（Runs of Homozygosity，ROH）以及有效种群大小（Ne）。相关研究论文为Saleh等人（2026）发表于《家禽科学》（Poultry Science，修回中，修回编号：PSJ-D-26-00528R1）的《基于高密度SNP数据评估西班牙本土鸡品种的基因组多样性、种群结构与连续纯合子片段》。