AlgPred: prediction of allergenic proteins and mapping of IgE epitopes
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Welcome to the official repository for AlgPred, a web server that integrates multiple computational approaches to predict allergenic proteins and map IgE epitopes. This resource is designed to support researchers in food safety, allergy biology, and bioinformatics. Web Server: https://webs.iiitd.edu.in/raghava/algpred/ Citation Saha, S., & Raghava, G. P. S. (2006). AlgPred: prediction of allergenic proteins and mapping of IgE epitopes. Nucleic Acids Research, 34 (Web Server issue), W202–W209. https://doi.org/10.1093/nar/gkl343 About the Tool AlgPred is a web-based prediction server developed to assess the allergenic potential of proteins using amino acid sequences as input. It consolidates multiple state-of-the-art prediction strategies into a single, accessible platform — addressing the FAO/WHO 2003 recommendation to use a weight-of-evidence approach rather than any single test. The tool integrates methods based on: Support Vector Machine (SVM) using amino acid and dipeptide composition Motif-based prediction via MEME/MAST BLAST search against Allergen Representative Peptides (ARPs) IgE epitope similarity search Hybrid combinations of the above Key Features Dataset 578 allergens and 700 non-allergens for training/testing 323 allergens in the independent validation dataset 101,725 non-allergens from Swiss-Prot for false-positive evaluation 178 curated IgE epitopes (sourced from Bcipep and SDAP databases) 2,890 Allergen Representative Peptides (ARPs)
欢迎来到AlgPred的官方资源仓库，这是一款整合多种计算方法以预测致敏蛋白并映射免疫球蛋白E（IgE）表位的Web服务器。本资源旨在为食品安全、过敏生物学及生物信息学领域的研究人员提供支持。 Web服务器地址：https://webs.iiitd.edu.in/raghava/algpred/ 引用信息 Saha, S. 与 Raghava, G. P. S. (2006). AlgPred：致敏蛋白预测与IgE表位映射. 《核酸研究》（Nucleic Acids Research）, 34 (Web Server专刊), W202–W209. https://doi.org/10.1093/nar/gkl343 关于本工具 AlgPred是一款基于Web的预测服务器，以氨基酸序列作为输入，用于评估蛋白质的致敏潜能。该工具将多种前沿预测策略整合至单一易用的平台中，契合联合国粮食及农业组织/世界卫生组织（FAO/WHO）2003年提出的“采用证据权重法而非单一检测手段”的建议。 本工具整合了以下方法： 1. 基于氨基酸组成与二肽组成的支持向量机（Support Vector Machine, SVM） 2. 基于MEME/MAST的基序预测 3. 针对致敏蛋白代表性肽段（Allergen Representative Peptides, ARPs）的BLAST搜索 4. IgE表位相似性搜索 5. 上述方法的混合组合方案 核心特性 数据集 - 用于训练与测试的578个致敏蛋白及700个非致敏蛋白 - 独立验证数据集包含323个致敏蛋白 - 取自Swiss-Prot数据库的101,725个非致敏蛋白，用于假阳性评估 - 178个经人工整理的IgE表位（数据来源于Bcipep与SDAP数据库） - 2,890个致敏蛋白代表性肽段（ARPs）
