Popc @ 310K, 450 Mm Of Cacl_2. Slipids With Default Amber Ions
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Simulations of a POPC bilayer with 450 mM of CaCl_2. <br> The goal was to study the effect of salt on the order <br> parameters of the lipid head group and the glycerol <br> backbone for the NMRlipids project, see <br> http://nmrlipids.blogspot.fi for more information. A POPC bilayer consisting of 200 lipids (100 per leaflet) <br> is simulated in the presence of 450 mM CaCl_2. The Slipids <br> model [1–3] is employed for lipids, tip3p model for water, <br> and the default amber ion parameters (type C0) for CaCl_2. The Slipids force field parameters were downloaded from<br> http://mmkluster.fos.su.se/slipids/ –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– The files are in GROMACS format. Trajectory (.xtc) is <br> 100 ns long with data saved every 100 ps. These data<br> were collected after 1900 ns of simulation. Additionally, the initial structure (.gro), topology (.top), index file (.ndx), <br> simulation paremeter file (.mdp), binary run input file <br> for GROMACS v. 4.6–> (.tpr) and the energy output file <br> (.edr) are provided. –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– [1] Derivation and Systematic Validation of a Refined <br> All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> The Journal of Physical Chemistry B 2012 116 (10), 3164-3179<br> DOI: 10.1021/jp212503e [2] An Extension and Further Validation of an All-Atomistic <br> Force Field for Biological Membranes<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> Journal of Chemical Theory and Computation 2012 8 (8), 2938-2948<br> DOI: 10.1021/ct300342n [3] Another Piece of the Membrane Puzzle: Extending Slipids Further<br> Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubartsev<br> Journal of Chemical Theory and Computation 2013 9 (1), 774-784<br> DOI: 10.1021/ct300777p
本数据集为含450 mM氯化钙（CaCl₂）的1-棕榈酰-2-油酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱（POPC）双层膜模拟体系。本研究旨在为NMRlipids项目探究盐浓度对脂质头部基团及甘油骨架有序参数的影响，更多信息可访问http://nmrlipids.blogspot.fi。 本模拟体系包含200个POPC分子（双分子层的每个单层各100个），在450 mM CaCl₂环境下开展模拟。脂质体系采用Slipids力场[1–3]，水分子采用tip3p模型，CaCl₂则使用Amber默认离子参数（类型C0）。Slipids力场参数可从http://mmkluster.fos.su.se/slipids/下载获取。 –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– 本数据集所有文件均采用GROMACS格式。轨迹文件（.xtc）时长为100 ns，每100 ps保存一组数据，所有采集数据均来自模拟运行1900 ns之后的阶段。此外还提供了初始结构文件（.gro）、拓扑文件（.top）、索引文件（.ndx）、模拟参数文件（.mdp）、适用于GROMACS 4.6及以上版本的二进制运行输入文件（.tpr）以及能量输出文件（.edr）。 –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––– [1] 《精修的全原子力场用于磷脂酰胆碱脂质的推导与系统验证》，约阿基姆·P·M·耶姆贝克（Joakim P. M. Jämbeck）、亚历山大·P·柳巴茨夫（Alexander P. Lyubartsev），《物理化学杂志B》，2012年，116卷(10期)：3164-3179，DOI: 10.1021/jp212503e [2] 《用于生物膜的全原子力场的扩展与进一步验证》，约阿基姆·P·M·耶姆贝克、亚历山大·P·柳巴茨夫，《化学理论与计算杂志》，2012年，8卷(8期)：2938-2948，DOI: 10.1021/ct300342n [3] 《膜谜题的又一块拼图：进一步扩展Slipids力场》，约阿基姆·P·M·耶姆贝克、亚历山大·P·柳巴茨夫，《化学理论与计算杂志》，2013年，9卷(1期)：774-784，DOI: 10.1021/ct300777p
