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reference data for TidyGWAS

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Zenodo2025-08-05 更新2026-05-26 收录
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Reference data curated for tidyGWAS, for version 1.0.0 Contains: RSID, CHR, POS, ALT ALLELE and REF ALLELE from dbSNP v155, for both GRCh37 and GRCh38 Allele frequencies for five super populations from 30x 1000 genomes dbSNP merged RSID data Indel reference data, left-aligned and trimmed from dbSNP157 Allele frequenecy for UKB populations for ancestry composition Ancestry_data.parquet contains merged allele frequences and principal components downloaded from:https://figshare.com/ndownloader/files/31620968 https://figshare.com/ndownloader/files/31620953

本参考数据专为tidyGWAS整理,版本号为1.0.0。 包含: 来自dbSNP(dbSNP)v155的RSID、染色体(CHR)、碱基位置(POS)、替代等位基因(ALT ALLELE)与参考等位基因(REF ALLELE)信息,覆盖GRCh37(GRCh37)与GRCh38(GRCh38)两个参考基因组版本。 基于30x测序深度的1000基因组计划(1000 Genomes Project)数据中的五大超级人群(super populations)等位基因频率。 经dbSNP合并的RSID数据集。 从dbSNP157中提取并经左对齐、修剪处理的插入缺失(Indel)参考数据。 英国生物银行(UKB)人群祖先构成相关的等位基因频率。 Ancestry_data.parquet 文件包含合并后的等位基因频率与主成分(principal components)数据,下载来源如下: https://figshare.com/ndownloader/files/31620968 https://figshare.com/ndownloader/files/31620953

提供机构:
Zenodo
创建时间:
2025-08-05
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