TABLE 3 in Comparing whole-genome shotgun sequencing and DNA metabarcoding approaches for species identification and quantification of pollen species mixtures

TABLE 3 NCBI data for taxa of interest included in our kraken database, in addition to all available RefSeq assemblies SpeciesTaxon IDAccessionTypeReferencesAmbrosia artemisiifolia4212PRJNA449949FASTQ(van Boheemen et al., 2017)Artemisia tridentata55611PRJNA258169FASTQ(Huynh et al., 2015)Bassia scoparia83154GCA_008642245Assembly(Patterson et al., 2019)Broussonetia papyrifera172644PRJNA437223FASTQ(Peng et al., 2019)Carya illinoinensis32201GCA_011037805Assembly(Huang et al., 2019)Poa pratensis4545PRJNA517968FASTQ(Y. Chen et al., 2019)Populus deltoides3696PRJNA430966FASTQ(Zhu et al., 2018)Populus tremuloides3693PRJNA299390FASTQNo linked publication表3 本研究所用Kraken数据库（Kraken）中纳入的目标类群的NCBI数据，以及所有可用的RefSeq参考序列数据库（RefSeq）组装序列 物种、分类学ID、登录号、数据类型、参考文献 豚草（Ambrosia artemisiifolia）、4212、PRJNA449949、FASTQ、(van Boheemen等人，2017) 三齿蒿（Artemisia tridentata）、55611、PRJNA258169、FASTQ、(Huynh等人，2015) 地肤（Bassia scoparia）、83154、GCA_008642245、Assembly、(Patterson等人，2019) 构树（Broussonetia papyrifera）、172644、PRJNA437223、FASTQ、(Peng等人，2019) 薄壳山核桃（Carya illinoinensis）、32201、GCA_011037805、Assembly、(Huang等人，2019) 草地早熟禾（Poa pratensis）、4545、PRJNA517968、FASTQ、(Y. Chen等人，2019) 美洲黑杨（Populus deltoides）、3696、PRJNA430966、FASTQ、(Zhu等人，2018) 颤杨（Populus tremuloides）、3693、PRJNA299390、FASTQ、无关联已发表文献