CancerSEA

CancerSEA-X is a comprehensive cancer single-cell state resource, systematically characterizing 156 distinct cell states across malignant, immune, and stromal cells. By analyzing 239 scRNA-seq datasets covering 32 cancer types, it provides a pan-cancer tumor microenvironment(TME) cell state atlas. CancerSEA-X is the advanced version of CancerSEA (available at http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/)

CancerSEA-X是一款综合性癌症单细胞状态资源库，系统表征了恶性细胞、免疫细胞与基质细胞范畴内的156种不同细胞状态。通过分析覆盖32种癌症类型的239套单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing, scRNA-seq）数据集，该资源库构建了泛癌肿瘤微环境（tumor microenvironment, TME）细胞状态图谱。CancerSEA-X是CancerSEA的进阶版本，其原版本的访问网址为http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

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背景与挑战

背景概述

CancerSEA是一个癌症单细胞功能状态图谱数据库，首次专注于解码癌症细胞在单细胞分辨率下的功能异质性。它涵盖14种功能状态，涉及27种癌症类型的超过93,000个单细胞，并提供基因与功能状态关联的查询工具，支持蛋白质编码基因和长链非编码RNA分析。